XVI в. Основание обители положено около 1520 г. препп. Никифором и Геннадием - учениками великого русского святого, преп. Александра Свирского.

Преп. Никифор родился в семье небогатых поселян в Важенском погосте, лежащем близ реки Свири, в 70 верстах от Олонца. Некоторое время он подвизался у прп. Александра в Свирском монастыре, но, не желая славы «и похвалы мира сего», ушел на озеро Важе, где уже в тесных землянках с немногими учениками молился Богу преп. Геннадий.

Подобно Геннадию, Никифор еще в юношеском возрасте почувствовал призвание к монастырской жизни и ушел от мира в обитель Александра Свирского. Здесь под руководством святого и предался иноческим трудам. Не довольствуясь постом и бдением, Никифор изнурял себя тяжелыми веригами, которые носил на голом теле. Весили они более 20 килограммов.

Видя такие подвиги, братия прославляла Бога, но Никифор всячески избегал похвал и скоро попросил прп. Александра Свирского благословить его идти в Киев на поклонение святым Печерским угодникам. Преп. Александр отговорил своего ученика от дальнего паломничества и посоветовал прежде сходить в обитель Воскресения Христова к преп. Кириллу, игумену Новоезерскому, побеседовать с ним о монашеской жизни и поучиться монастырскому уставу. «Когда придешь к Ново-озеру, лодки не ищи…, - напутствовал он своего ученика. – Отойди в сторону и молись, пока за тобою не приедут.

Преп. Никифор так и сделал. Достигнув озера, он не остановился в деревне Кобыльина Гора, а отошел в сторону и принялся молиться. Потом его сморило, и он прилег на камень отдохнуть. Скоро его разбудили. Никифор увидел незнакомого монаха, вылезающего из лодки. «Благослови меня, святой отец! – попросил преп. Никифор. – Прости, что уснул…». «Меня благослови! – ответил преп. Кирилл. Ведь ты послан духовным братом моим Александром – служителем Троицы. Преподобные обнялись, и дивный свет воссиял над ними, повествует предание. Восемь дней провел Никифор в Новоозерском монастыре. Прощаясь с ним, преп. Кирилл сказал: «Хотя мы имеем с братом Александром большое желание увидеть друг друга, но по Божиему изволению в нынешнем веке сего не сподобимся и увидимся, когда от тела разлучимся, а твои труды, четный отче, не будут забыты пред Богом».

С приходом преп. Никифора на озеро Важе образовался небольшой пустыннический монастырь и около 1530 г. был воздвигнут деревянный Преображенский храм. Скончался преп. Никифор 9 (22) февраля 1557 г. Погребли его рядом с преп. Геннадием в основанной им пустыни, с которым, однако, по предложению, он никогда не встречался.

Государь Иоанн Васильевич в 1557 г. даровал монастырю грамоту на владение пахотной землей «на все четыре стороны по версте, оприч мхов и болот, и глыб», а 1588 г. монастырь получил от государя Федора Ивановича еще одну царскую жалованную грамоту - на угодья и рыбные ловли.

НАЧАЛО XVII в. Почти незаметно для истории протекла жизнь Никифоровской обители, скрытой дремучим лесом. Но что скрыто от людей, то открыто Богу... Лишь в Смутное время бурные события не обошли стороной и обитель. Отряды литовцев, опустошая северные пределы России, напали и на беззащитную пустынь. Отшельники не оказывали сопротивления грабителям. Под ножами литовцев приняли смерть старцы Игнатий, Леонид, Дионисий, Федор, Ферапонт, Корнилий и Афанасий. Могилы страстотерпцев стали местом паломничества.

1-я ПОЛ. XIX в. СТАРЕЦ ИСАЙЯ. Долгое время древняя обитель не имела самостоятельности. Ее возрождение началось с 1800 г., когда она была приписана к Александро-Свирскому монастырю.

С 1830 г. здесь поселился строгий отшельник из Коневского монастыря о. Исайя с тремя учениками. В то время пустынь пребывала в совершенном запустении. Две ветхие деревянные церкви, деревянная же часовня, над тем местом, где почивали под спудом мощи основателей пустыни Геннадия и Никифора, две небольшие келии и хлебная, полуразрушенная временем, - вот и все постройки, сохранившиеся от некогда славной обители.

Опытный духовник и рачительный хозяин, о. Исайя, уповая на Бога, верил, по примеру древних подвижников, что «ни золотом, ни серебром, но трудами, пощением и слезами» воздвигнет и украсит забытую обитель преп. Геннадия и Никифора Важеозерских. Храмы восстанавливались в большей степени силами братии под общим руководством отца Исайи, который «не щадя сил старческих и здоровья, первым был на работах и самым усерднейшим молитвенником в церкви при совершении богослужения». Ревностно заботясь о внешнем благолепии обители, опытный и богомудрый старец не забывал и о духовном совершенствовании братии: ввел строгий устав по образцу святогорскому и сам следил за точным его исполнением.

Обладая обширными познаниями в Священном Писании и даром слова, он имел громадное нравственное влияние в наставлении, совете, поучении и руководстве не только среди братии и своих учеников, но и ученых людей. Известно, что отец Исайя пользовался авторитетом и уважением мудрого свт. Филарета, Митрополита Московского. Его ценил и чтил свт. Игнатий Брянчанинов, который отзывался об отце Исайе как о человеке, имеющем «обильную благодать Божию». Он обращался к нему как к «преуспевающему в умной молитве и сподобившемуся благодатного осенения» с просьбой о рецензировании ряда спорных духовных книг. Более того, о. Исайя был настолько близок со свт. Игнатием (Брянчаниновым), что неоднократно гостил у него.

И всещедрый Господь «по вере его дал ему». Бедная средствами, убогая зданиями, скудная братией Задне-Никифоровская Важеозерская обитель была возрождена. Стараниями и трудами отца Исайи в пустыне были сделаны каменные фундаменты у двух деревянных церквей, ветхая часовня над мощами преп. Геннадия и Никифора была перестроена, вновь было отстроено несколько братских келий.

В 1840 г. число братии возросло до 15 человек. Наконец, в 1846 г. обитель, считавшаяся приписанной к Александро-Свирскому монастырю, по ходатайству отца Исайи перед Обер-прокурором Св. Синода при Преосвященном Венедикте графом Протасовым, указом Св. Синода была возведена в степень самостоятельной. К этому времени число братии увеличилось до 22 человек.

3 апреля (по ст. ст.) 1852 г. подвижник мирно почил о Господе на 72 году своей полной беспрестанных подвигов и молитв жизни. Тело блаженного старца похоронили близ стены часовни над мощами преподобных основателей обители Геннадия и Никифора. Когда же на месте часовни стали строить новый каменный храм во имя Всех Святых, освященный в 1858 г. ,то место вечного упокоения отца Игнатия пришлось под царскими вратами, где он покоится и поныне.

КОНЕЦ XIX в. Страшный пожар в 1885 г. уничтожил почти все деревянные монастырские строения. Братия разошлась по другим обителям епархии. В 1887 г. за устройство монастыря энергично взялся иеромонах Геннадий. На восстановление обители дал свое благословение и был первым щедрым жертвователем кронштадтский батюшка Иоанн Сергиев. Вместе с иеромонахом Геннадием, своим постоянным спутником по время поездок по Северу, он немало положил трудов для возрождения древней иноческой пустыни.

Монастырь вновь был отстроен с духовной и материальной помощью «Всероссийского батюшки» – св. праведного Иоанна Кронштадского, который неоднократно приезжал и останавливался в обители. В 1892 г. он освятил новую деревянную Преображенскую церковь. Именно в это время были построены дошедшие до нас храмы, игуменский и гостиничный корпуса. Обе церкви увенчали пятью главами. Во Всехсвятской, теплой богослужения совершались зимой, а после праздника Всех Святых служба переносилась в Преображенскую. При монастыре действовали портняжная и сапожная мастерские.

РАЗОРЕНИЕ ОБИТЕЛИ. После установления советской власти монастырская жизнь прервалась. В 1923 г. обитель закрыли и на ее территории совхоз им. Зиновьева.

В 1935 г. пустынь подверглась разорению. Все монастырские иконы, книги, архивы, погост, братский корпус, монастырская стена, скит были уничтожены. На ее территории началось строительство Интерпоселка. Преображенский храм стал спортзалом, а Святодуховский — клубом.

После 1945 г. в стенах бывшей обители расположились колония для несовершеннолетних преступников и психбольница. Разумеется, все это привело к тому, что на момент передачи монастыря Русской Православной Церкви в 1993 г., практически все сохранившиеся постройки находились в аварийном состоянии.

ВОССТАНОВЛЕНИЕ МОНАСТЫРЯ. С 1991 г. по ноябрь 2000 г. монастырь был женским. Скудных средств, получаемых от пожертвований, хватало только на то, чтобы сохранить и только в малой степени отреставрировать храмы и гостиничный корпус. Обитель обеспечивала себя сельскохозяйственными продуктами от имеющегося хозяйства. Богослужения совершались в деревянном Преображенском храме. Малыми средствами храм отреставрировали: починили печи, установили новый иконостас. Началось восстановление колокольни. Были восстановлены каменный зимний храм во имя Всех Святых и надвратная церковь преп. Иоанна Рыльского. Несмотря на все сложности, монастырский устав отправлялся неукоснительно под духовным руководством игумена Илариона (Кильганова).