Расположен на восточном берегу Онежского озера, на узкой полоске земли шириной около километра, между двумя озерами - обширным Онежским и малым Муромским. С одного конца эта полоска ограничена протокою, соединяющей оба озера, с другой - к ней подходят топкие лесные болота, так что до обители можно добраться только водой. Когда-то на гати была дорога через болото, но со временем разрушилась. Пеший, может быть, с большим трудом еще проберется, но проехать здесь пока нет возможности. Это создает особую трудность для восстановления Муромского монастыря.

Основан монастырь в XIV в. по особому чудному явлению новгородского епископа Василия после своей кончины преподобному. Святой архипастырь поручил устроить обитель византийскому монаху авве Лазарю, постриженцу Римской Высокогорской обители, избравшему настоящее место, как наиболее подходящее для сурового подвижничества. Преподобный Лазарь - грек родом из Константинополя, называемого в Древней Руси Цареградом, принял иночество от старца Афанасия Дискота, строителя ряда обителей. Затем восемь лет находился под духовным руководством кесарийского епископа Василия. В 1342 г. епископ Василий отправил прп. Лазаря, как знатока иконописи, с дарами к новгородскому святителю Василию, чтобы инок сделал для кесарийской епархии список с великой новгородской святыни - иконы Софии, Премудрости Божией и составил список новгородских церквей и монастырей. Встретив преподобного, новгородский святитель до земли поклонился гостю, благословил остаться в устроенном архиепископом монастыре. Десять лет служил прп. Лазарь свт. Василию и после его смерти пошел, как повелел ему духовный отец "в северную сторону, к морю, к острову Мучь, на озеро Онего.

Прп. Лазарь был старшим современником прп. Сергия Радонежского, он и земной путь свой завершил всего на год раньше, 21 марта 1391 года, в возрасте ста пяти лет. Преподобный понес много трудов, много претерпел от полудиких племен, обитавших в Прионежье, пока монастырь не утвердился оплотом Православия в суровом северном крае.

При жизни основателя монастыря пришедшими из Киева иноками была возведена первая во всем Поморье церковь во имя Успения Пречистой Богородицы Печерской на Богом показанном месте, где Лазарь видел "Жену светолепную, сияющую золотом, и благообразных мужей, поклоняющихся ей". Затем была срублена церковь Рождества Иоанна Предтечи с трапезной. А маленькая церковь Воскрешения Лазаря, построенная в 1390 году и давшая жизнь монастырю, оказалась за пределами киновии, "на гробищах", т. е. на кладбище. Прп. Лазарь был погребен у алтаря поставленного им Предтеченского храма. Мощи преподобного пребывают под спудом в том месте и по сию пору.

Над древней деревянной церковью во имя Воскрешения Лазаря около ста лет был поставлен деревянный храм большого размера, стены и кровля которого стали своего рода футляром, укрывающим монастырскую святыню. Служба в ней совершалась только один раз в год, в Лазареву субботу.

В 1786 г. монастырь был обращен в женский, а в 1787 г. упразднен. Его восстановили в 1867 г. с назначением штата монашествующих из 7 человек без пособия от казны. При нем был учрежден дом для престарелых и убогих. Возрождение связано с именем богатого жертвователя, почетного гражданина Малокрошечного, внесшего 12 тыс. руб.

В монастыре стояли каменные церкви во имя Успения Богородицы с двумя приделами: Рождества Иоанна Предтечи и прп. Иоанна Рыльского, построенная в 1866; Всех Святых, ветхая деревянная церковь Богоявления Господня, домовой храм свт. Николая, освященный в 1896, древняя церковь Воскрешения Лазаря; часовня во имя прп. Лазаря Муромского, в которой под спудом почивали мощи св. основателя; часовня во имя прп. Афанасия Муромского, бывшего игуменом монастыря в середине XV в. и наравне почитаемого с прп. Лазарем. В ней почивали его св. мощи, в обители хранились и его железные вериги. Монастырь окружала каменная ограда. Обитель владела 36 десятинами 1679 саженей пахотной земли.

После установления советской власти в Карелии монастырское имущество было конфисковано, на территории монастыря проводились курсы сельхозинструкторов, жилые помещения отдали рабочим местного леспромхоза. В 1919 г. на месте обители была организована сельхозкоммуна им. Троцкого. Постановление о ее закрытии было принято 30 августа 1930. После 1945 здесь располагался дом инвалидов, с середины 1960-х место запустело.

Долгое время древняя церковь Воскрешения Лазаря была заброшена. Лишь в 1954 г. архитектор А.В. Ополовников произвел ее замеры и сделал проект реставрации храма, в котором сохранился небольшой иконостас (царские врата, деисусный чин) XVI в. В 1959 году церковь разобрали и увязанную в плотах перевезли в Кижи, где реставрировали по проекту архитектора Ополовникова. Храм стал "жемчужиной экспозиции" и попал в список музейных реликвий как самый древний памятник деревянного зодчества, известный на территории России.

Возрождение монастыря началось в январе 1991. К концу XX в. сохранились белокаменные стены Успенского собора, остов церкви Всех Святых, разрушенный братский корпус. В настоящее время восстановлены: братский корпус, в котором разместились зимняя церковь свт. Николая, трапезная, кельи. Защитная часовня над Лазаревской церковью перестроена в летний храм, отреставрирована колокольня. По-прежнему монастырь является местом строгой уединенной жизни.