Кроме Духосошественской церкви, на православном кладбище находилось ещё три, приписных к ней, храма. Первым из них был храм в честь Преподобного Афанасия Афонского, находившийся в самой западной части кладбища. Первоначально этот храм был монастырским и его история долгое время была связана со Спасо-Преображенскою обителью. Вот история возникновения этого храма в Астрахани. В 1653 году царём Алексеем Михайловичем был пожалован Спасо-Преображенскому монастырю учуг Чурка. Здесь иноками была выстроена деревянная церковь в честь Николая Чудотворца, служившая духовным утешением для живших тут монахов и работных людей. В 1744 году вместо этой деревянной церкви архимандритом монастыря Мефодием была выстроена каменная, освящённая в то же имя Святителя Николая Чудотворца. Старая деревянная церковь старанием того же архимандрита была перенесена на Кулаковский бугор, где находился монастырский огород, и освящёна в честь Преподобного Афанасия Афонского. Этот святой, живший в IX – X веках и подвизавшийся в иноческих подвигах на Святой горе Афон с древних времён считался покровителем монашества. Несомненно поэтому, из глубокого благоговения перед ним братии Спасо-Преображенского монастыря, храм и был назван в честь его святого имени.

В 1757 году монастырский огород с располагавшимся на нём виноградным садом был куплен у монастыря казённою садовою конторою. После этого деревянная церковь в честь Преподобного Афанасия Афонского 22 августа того же года, по желанию братии обители, была перенесена на остров Яманчуг, где находились монастырские сенокосные луга. Остров этот находился на реке Болде, рыболовные воды которой брались в аренду Спасо–Преображенским монастырем. Жившие здесь ловцы не имея возможности во время путины посещать далеко расположенные храмы, давно желали иметь свою церковь прямо на промысле. Перенесенный на Яманчуг храм был переименован по желанию братии в честь Преподобных Антония и Феодосия Печерских. Архимандрит же монастыря Мефодий пообещал выстроить новый храм в честь Преподобного Афанасия Афонского.

Место для нового храма было выбрано на Ивановском бугре, в виноградном саду, купленном монастырём у жены астраханского купца Ивана Чарина. Храм строился каменный, с каменною колокольнею в одной связи и был освящён архимандритом Мефодием 9 ноября 1757 года.

Сад, в котором находился храм, был довольно обширный: с западной стороны он упирался в старое городское кладбище с деревянной церковью в честь Праведного Лазаря; с восточной стороны в угодья Покровского монастыря, расположенные на этом же бугре, где в конце XVIII века возникнет новое кладбище с Духосошественской церковью; с южной стороны он упирался в реку Кутум; а с северной в дорогу, идущую вдоль речки Луковки. Этот сад в народе стали называть Афонским садом или Афонским монастырём, так как здесь постоянно жили монахи из Спасо-Преображенской обители. Здесь, в Афонском саду, возле храма было устроено монастырское кладбище, где хоронили, по их желанию, представителей именитого астраханского купечества. В 1840 году по иску майора Андрея Булыгина у Спасо-Преображенского монастыря за непредоставление от него купчей крепости была отобрана западная часть Афонского сада. За монастырём осталась лишь та часть сада, где стояла церковь и находились расположенные вокруг храма двор, кладбище и виноградно-фруктовый сад, с одною ветряною поливальною мельницею.

В 1840 году при Афонской церкви старанием жены коллежского советника Марии Надорожинской и почётной гражданки Агафии Голиковой был устроен с правой стороны придел в честь иконы «Всех Скорбящих Радосте». Придел был освящён 20 октября того же года, по благословению Астраханского архиепископа Виталия (Жегачёва), архимандритом Спасского монастыря Аполлинарием.

В середине XIX века Афонский сад был обнесён деревянным дощатым забором, а кладбище, находившееся между садом и двором, – деревянным решётчатым.

В таком виде Афонский сад дожил до 1874 года, когда была упразднена Спасо-Преображенская обитель. Тогда же по распоряжению Астраханской Духовной Консистории «виноградный и фруктовый сад, находящийся при загородной монастырской Афонской кладбищенской церкви, были отданы в арендное содержание Красноярскому мещанину Ефиму Болдыреву на 4 года, с платою по 95 рублей в год». Но сама судьба Афонского храма, как и прилегающего к нему монастырского имения, была решена в 1874 году, когда Указом Святейшего Синода от 9 октября за № 2829 и церковь, и сад со всеми находившимися в нём строениями были переданы в ведение Покрово-Болдинского монастыря. Правда, перипетии с Афонским храмом на этом не закончились. Вслед за передачей Афонского сада Покрово-Болдинскому монастырю сразу же возник вопрос о приобретении его городским кладбищем.

Городское кладбище, расположенное к востоку от Афонского сада, к тому времени было уже переполнено захоронениями и срочно требовалось его расширение. Городская управа была очень озабочена этим вопросом, и внимание её обратилось на смежное с кладбищем «Афонское подворье». В 1875 году городской голова вошёл к Астраханскому епископу Феогносту (Лебедеву) с ходатайством о безвозмездной уступке монастырского «Афонского подворья» городу. Владыка посчитал возможным уступить это подворье под городское кладбище, но заявил, что вопрос этот может решить только братия Покрово-Болдинского монастыря во главе с архимандритом Августином. Архимандрит согласился на уступку городу подворья с церковью Афанасия Афонского, но за определённую сумму в 4 500 рублей. Преемник владыки Феогноста на Астраханской кафедре епископ Хрисанф (Ретивцев) 5 июля 1875 года обратился с прошением на отчуждение этого монастырского участка в ведение городского общества, и, когда разрешение это последовало, Афонская церковь, со всем к ней прилегающим местом и строениями, сделалась собственностью города. Вся территория Афонского сада постепенно была занята захоронениями, а церковь Афанасия Афонского стала городским кладбищенским храмом, приписанным к Духосошественской церкви.

В скором времени древний монастырский храм пришёл в очень ветхое состояние, требовавшее капитального ремонта. Из-за крайней ветхости служба в храме совершалась с риском для жизни. К тому же внутреннее пространство храма было очень незначительным, что было уместным, когда он служил местом молитвы для небольшого числа монашеской братии, жившей на подворье, но, когда он стал кладбищенским, появилась необходимость в его расширении. Первая попытка увеличить пространство храма была предпринята в 1882 году при астраханском епископе Евгении (Шерешилове), когда он был расширен в длину к колокольне более чем на сажень через разборку каменной стены. В том же году был возобновлён придел в честь иконы Божьей Матери «Всех Скорбящих Радосте» на средства астраханского купца Василия Ивановича Смирнова. Фактически служба совершалась только в этом приделе, так как в храме было опасно, да и то до 1894 года, когда церковь Афанасия Афонского была закрыта.

Так продолжалось до 1892 года, когда на этот храм обратил своё внимание Астраханский епископ Павел (Вильчинский). Он поднял вопрос о восстановлении храма. В скором времени нашёлся и благотворитель – бакинский купец Дмитрий Иванович Артемьев, вызвавшийся пожертвовать большую часть средств на ремонт храма. В течение 1891 – 1892 годов весь храм как с внешней, так и с внутренней стороны был возобновлён и освящён 22 октября 1892 года епископом Павлом. В 1896 – 1897 годах последовало новое расширение храма по составленному новому плану. Придельный алтарь был вынесен из трапезы и поставлен в один ряд с центральным алтарём. Тогда же был сооружён левый придельный храм в честь Мученицы Аполлинарии, освящённый в 1897 году. Трапеза храма была расширена с вынесением северной и южной её стен на один уровень с боковыми приделами.

ВНЕШНИЙ И ВНУТРЕННИЙ ВИД ХРАМА
Церковь Афанасия Афонского довольно изящной архитектуры была построена в стиле «нарышкинского» барокко. Храм делился на три взаимоотделяющиеся части: собственно храм с алтарём, трапеза и притвор с выведенной из него колокольней. Храм имел форму кубическую с круглым массивным куполом. Вверху купол венчала изящная трёхступенчатая башенка-глава. По углам купола находились подобной же формы двухступенчатые башенки. Подобной же формы две четырёхступенчатые башенки находились над трапезой. Трапеза имела прямоугольную форму, значительно выступающую за пределы основной части храма. С внешней стороны она была разделена на два яруса, в каждом из которых располагалось по три окна. К нижнему ярусу трапезы с восточной стороны были пристроены боковые придельные алтари. Центральный алтарь имел округлую форму с округлым же куполом, по форме напоминающим купол на храме. Колокольня храма имела четыре яруса, первые два из которых имели прямоугольную форму и представляли собой: первый – притвор со входом в храм, второй – прямоугольную каменную келью с окном в церковь, устроенную архимандритом Мефодием для приезда настоятеля монастыря. Третий ярус имел шестигранную форму с шестью высокими узкими окнами для звона, а четвёртый – четырёхгранную (в три раза меньшей высоты, чем третий ярус) с четырьмя малыми слуховыми окошками. Венчала колокольню двухступенчатая башенка такой же формы, как и на храме и трапезе. Все башенки: на храме, трапезе и колокольне – были увенчаны крестами.

Внутри храма находился четырёхъярусный иконостас, довольно искусной работы, с резными деревянными позлащёнными фигурками и рамами для икон, устроенный в 1892 году на средства купца

Д.И. Артемьева. Боковые придельные алтари украшали одноярусные резные иконостасы, вызолоченные на полимент. Иконостас правого придела был устроен на средства купца В.И. Смирнова в 1882 году. Храм внутри был расписан в 1847 году при архимандрите Спасского монастыря Вассиане. В 1892 году роспись была обновлена. При храме Преподобного Афанасия Афонского было немало захоронений как монашествующих, так и астраханских жителей. Из наиболее известных можно назвать погребённого здесь у левого клироса храма астраханского блаженного Петра Андреевича Сазонова, скончавшегося в первой половине XIX столетия.

В 1923 году Духосошественский храм был захвачен обновленцами, другие два кладбищенских храма стояли запечатанными, так что церковь Афанасия Афонского оставалась единственным православным храмом на кладбище. К тому же с захватом обновленцами близлежащих приходских Михаило-Архангельского и Введенского храмов прихожане этих храмов вынуждены были перейти в Афонскую церковь, которая стала играть роль приходской.

В 1932 году церковь Афанасия Афонского была закрыта и вскоре снесена. Долгое время напоминанием о ней был трёхэтажный каменный церковный дом, когда-то служивший жилищем для священнослужителей этого храма. В 70-х годах ХХ столетия западная часть старого кладбища, где когда-то стоял Афонский храм, была снесена вместе с бывшим церковным домом. На сохранившуюся часть кладбища были перенесены останки некоторых священнослужителей, некогда похороненных около церкви Афанасия Афонского, остальные захоронения были уничтожены. На месте кладбища построили гаражи для работников обкома партии, сохранившиеся до нашего времени.