Первый деревянный храм во имя преподобного Макария, Желтоводского чудотворца построен после 15 апреля 1646 года когда Патриархом Московским и всея Руси Иосафом дана храмозданная грамота на строительство церкви. Точных сведений о построенной церкви нет.

Спустя шесть лет, 19 августа 1652 года, Патриархом Никоном вновь дана храмозданная грамота на строительство церкви в селе Макарье, где «на большой Слободской дороге стоит часовня».

22 мая 1698 года по благословению Преосвященнейшего Ионы архиепископа Вятского и Великопермского, вблизи с Макарьевской церковью заложили новую деревянную во имя Живоначальной Троицы.

Вместо неё в 1768-1775 годах построен каменный храм. Южный придел в честь иконы Божией Матери Взыскание погибших освящен 25 июля 1772 года, северный придел во имя преподобного Макария Желтоводского Унженского чудотворца освящен 1 ноября 1772 года. Главный престол во имя Пресвятой и Живоначальной Троицы освящен 25 июля 1775 года. Одновременно или вскоре после возведения храма была сооружена и ограда с великолепными трехчастными воротами.

В 1940 году церковь закрыли. Большую часть церковного имущества передали в недавно образованный антирелигиозный музей. В здание храма размещался сельский клуб.

После долгих лет забвения в 1975 году здание церкви привлекло внимание реставраторов. 11 августа 1975 года решением Кировского облисполкома здание Троицкой церкви было внесено в реестр памятников архитектуры местного значения. Одновременно с этим по проекту архитектора Л.Д. Лапкиной (г. Москва) Кировской специальной научно-реставрационной мастерской храм частично отреставрирован. Оставаясь сельским клубом и библиотекой, он приобрел свой прежний облик.

В 1980 году церковь возвращена верующим. В 1988 году по благословению архиепископа Вятского и Слободского Хрисанфа Троицкая церковь освящена.

С 1994 года на территории храма находиться Свято-Троицкий Александро-Невский женский монастырь, под управлением настоятельницы игуменьи Софии (Розановой). Специально для монастыря построен сестринский корпус с большой трапезной на первом этаже, сестринскими кельями на втором и комнатой для гостей на третьем.

В 1995 году часть зданий, находящихся на территории храма: епархиальная типография, столярная мастерская, котельная и другие складские помещения сгорели во время пожара. В результате погибло много хранящихся там икон и различных ценностей.

В 2005 году решением Священного Синода открыт Спасо-Преображенский монастырь и сестры Александро-Невского монастыря переведены в него на постоянное место.