Церковь Николая Чудотворца в Ельцыно в 1836 году вероятно устроена в нижнем ярусе отдельно стоящей колокольни Успенской церкви. Церковь отапливалась.

В советское время, 1940 года церковь закрыли, выше первого яруса разрушена. Оставшееся здание первого яруса колокольни, бывшей в ней Никольской церкви, использовалось под сельский клуб.

Церковь возвращена верующим.