В 1692 году местный вотчинник Михаил Романович Воейков построил деревянную церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1709 году пристроен придел Преподобного Сергия Радонежского. Церковь действовала до постройки нового храма.

Каменная церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Паньково построена в 1831 году. Приделы (отапливались) в трапезной Андрея Первозванного и Сергия Радонежского.

В советские годы, не позже 1930-х годов, церковь закрыли. Здание храма использовали под склад. Разобрана кровля трапезной и деревянные элементы колокольни. Церковь находится на (около) территории усадьбы Поливановых, на которой в советские годы находился пионерский лагерь киржачской шелковой фабрики. Храм постоянно осквернялся, подвергался действиям подросткового вандализма, дверь с северной стороны поджигалась. Стены исписаны непристойными словами. В главном алтаре находился полуметровый слой земли с битыми бутылками.

Храм передан церкви. 22 сентября 2012 года Паньковский храм посетил архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий, благословивший дальнейшее его восстановление. Церковь в плохом состоянии.