Кирпичная пятиглавая церковь с шатровой колокольней построен в 1690 году на средства Петра Михайловича Салтыкова вместо трёх(?) небольших деревянных церквей (упоминаются в 1678 году) бывших на этом месте. В трапезной правый придел во имя Архистратига Михаила, левый во имя святителя Николая Мирликийского и святителя Тихона Амафунтского. В 1725 году в храме был устроен иконостас, иконы для которого были написаны группой иконописцев из Кинешмы. В 1838 году были расписаны четверик и алтарь холодной церкви.

Церковь дважды значительно перестраивалась. Примерно в середине или во второй XVIII века храм был перестроен в стиле барокко. Было заменено перекрытие, установлено новое пятиглавие, расширены окна. В середине XIX века из-за роста населения села Молвитино появилась необходимость расширить храм. В 1855-1857 годах вместо старой трапезной была построена новая, значительно большая по площади. Окна четверика были растёсаны, а их наличники полностью изменены. Тогда же шатёр колокольни был обит жестью. В том же XIX веке церковь была обнесена кирпичной оградой с башнями, а к юго-западу от неё выстроена кирпичная сторожка. В 1881 году были расписаны стены и свод трапезной.

В 1922 году из храма были изъяты церковные ценности. В середине 1930-х годов с колокольни были сняты колокола. Летом 1938 года церковь закрыли, разрушены купола. В здании храма устроено зернохранилище. В 1939 году село Молвитино переименовали в Сусанино в память о подвиге Ивана Сусанина. Отреставрирована в 1977-1988 годах и занято музеем подвига Ивана Сусанина.

В 1992 году была попытка освобождения храма от музея и возвращение церкви. Слова священника В.И. Шапошникова: «…спросим себя: как бы отнёсся сам Сусанин к тому, что вот на той самой родной земле, для спасения которой он жизни своей не пощадил, существует храм, из которого фактически изгнано само Имя Божие, причём изгнано как бы ради того, чтобы утвердилось в том храме его собственное имя?..Нет никакого сомнения в том, что его христианское сердце исполнилось бы великой скорби, и сказал бы он своим забывшим Бога землякам: «Неразумные! Почто сотворили вы сиё во имя моё? Разве совершил я что-либо ужасное, что даже память обо мне наказана столь страшным образом?!»...