Церковь Никиты Столпника в Елизарово построена в 1550-е годы на средства А.Д. Басманова-Плещеева в память о воинах погибших при взятии Казани. В надписи на церковной стене указаны 1566-1567 годы в которых работали зодчие при строительстве храма. Архитектор Постник Яковлев (?). В 1822 году на средства прихожан к церкви пристроена трапезная и колокольня. Приделы Никольский, Сергиевский и Онуфрия Великого.

В 1920 году храм исследовал архитектор и реставратор Петр Дмитриевич Барановский. Он собрал данные обмеров, чертежей и фотографий, которые должны были послужить основой для будущей реставрации и восстановления ее облика. К сожалению, этого не произошло. Собранные им материалы до сих пор не разобраны и хранятся в музее архитектуры им. А.В. Щусева.

В 1930-х годах церковь закрыли. В здании храма разместили гараж. К 1975 году состояние церкви плохое. В 1980-е годы проводились реставрационные работы.

Церковь возвращена верующим.