Ефремова пустынь основана в начале XVI века старцем Ефремом. В декабре 1538 года великий князь Иван Васильевич пожаловал грамоту игумену Леонтию, преемнику Ефремову, с братией на пользование землями вокруг монастыря в Леванидовском займище. Постепенно создавалась Спасо-Николаевская пустынь на реке Реже.

Вскоре пустынь обезлюдела, церкви оказались заброшены, в таком состоянии территория пробыла 15 лет, пока Ростовский архиепископ Никандр в 1560 году не дал преподобному Феодосию Тотемскому новое послушание на её возобновление. Пустынь стала приписной к Спасо-Суморину монастырю. Феодосий церкви Николая Чудотворца и Преображения Господня, находившиеся там, восстанавливал на свои средства.

В 1617 году в пустыни проживали только два старца, служить в церквях было некому. В начале XVII столетии, после набегов в вологодский край польско-литовских шаек, пустынь совсем обеднела, запустела и после 1619 года перешла к Московскому Николо-Угрешскому монастырю. Монахи на жительство присылались из Угрешского монастыря.

В 1761 году тщанием иеромонаха Сергия, прибывшего на это место из Николо-Угрешского монастыря построена и освящена холодная Преображения Господня церковь на месте старой деревянной.

В 1764 году обитель упразднена, церкви обращены в приходские. В 1800 году построена новая каменная и освящена по левую сторону от Преображенской тёплая зимняя Николаевская церковь с тремя крестами, в одной связи с колокольнею на средства прихожан. В 1849 году освящена второй раз по случаю поправки в ней иконостаса. В декабре 1889 года открыта церковно-приходская школа.

В 1886 году построена новая каменная Преображенская церковь. В 1902 - 1904 годах проведены работы по росписи храма.

В 1931 году арестован священник Верюжский Николай Иннокентьевич. Служба прекратилась. В 1937 году священник Н. И. Верюжский арестован второй раз и приговорён к 10 годам лагерей.

В 1920-1930-е годы одновременно с православной кафедрой в Вологде существовала обновленческая епархия (обновленческий раскол). В Режском Николаевском приходе в 1930-х годах организована обновленческая община, священник Леонтьевский. Община действовала недолгое время, священника арестовали.

В 1934 году храмы закрыты, церковные ценности изъяты, кресты с куполов, колокола сняты и увезены на переплавку. Иконостас разрушен. Иконы, книги утрачены. В 1930-е годы кладбище при церкви снесено, находилось между Николаевским и Преображенским храмами, за алтарной частью и справа Преображенского храма.

Николаевская и Преображенская церкви повреждёны в 1930-е и послевоенные годы. Колокольня Николаевской церкви разрушена, в здании церкви устроен маслозавод. Здание Преображенского храма использовалось под спортивный зал, склад зерна, позже церковь заброшена.

Преображенский храм возвращён церкви. В 2015 году силами жителей храм очищен от мусора. В 2016 году над куполом Преображенского храма установлен крест.