Первое упоминание о церкви в селе Глинки (Глинково) относится к 1710 году.

В 1753-1757 годах на средства графа А. Р. Брюса построена новая кирпичная церковь Иоанна Богослова. Придел Александра Невского. В 1883 году на средства богородских купцов В. К. и Н. К. Аверьяновых построена новая трапезная с Боголюбовским приделом, перестроена колокольня.

В 1934 году церковь закрыта. Здание храма перестроено в спальный корпус санатория, размещённого в усадьбе. В конце 1980-х годов здание полуразрушенное, заброшено.

В 2007 году перестроенное здание церкви возвращено верующим. Сохранились часть стел храма, алтарная часть, в трапезной остатки полов из метлахской плитки. В 2009 году построена деревянная церковь рядом со старым храмом.