Во второй половине 17 века в Марфине значились две деревянные церкви.

Богородицерождественская церковь построена в 1701-1707 годах на средства князя Б.А. Голицына по проекту крепостного зодчего Владимира Ивановича Белозерова.

В отдельно построенной колокольне в 1770-е годы в её нижней части устроена церковь Петра и Павла. Перестраивалась в 1830-х годах и во 2-й половине XIX века.

В 1937 году церкви закрыли.

В 1989 храм и колокольня возвращёны церкви.