Ранее на месте сохранившейся церкви находился Предтеченский мужской монастырь. Первое упоминание о монастыре относится к 1509 году. В монастыре деревянные церкви во имя Святой Живоначальной Троицы и Усекновения главы Иоанна Предтечи. Монастырь упразднён в 1764 году. Построенная каменная церковь Усекновения Главы Иоанна Предтечи в 1765 году стала приходской. В первой половине XIX века с запада к храму пристроена трёхъярусная колокольня под шпилем. В 1873 году с юга и севера пристроены два придела, кровлю храма приподняли, надстроили барабан главки, расширена трапезная.

В 1929 году церковь закрыли.

В 1988 году храм возвращён церкви. В 1990 году освящен главный престол в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. В 1991 году освящены придельные престолы Боголюбской иконы Божией Матери и Святителя Николая Чудотворца. В 2003 году освящен придельный престол Святых Царственных мучеников. В 2004 году освящен придельный престол княгини Елисаветы и инокини Варвары.