Церковь Рождества Иоанна Предтечи построена на средства Александры Ивановны Шкроевой, вдовы каинского купца 1-й гильдии Ивана Васильевича Шкроева. 18 ноября 1904 года архиепископ Томский и Барнаульский Макарий (Невский) освятил церковь. На колокольне размещалось шесть колоколов.

В 1940 году церковь закрыта. Разрушены купол, семь луковичных глав, колокольня, иконостас, люстра-паникадило. Южный фасад позднее был закрыт кирпичной пристройкой, часть окон заложена кирпичом. В помещении храма размещались склад воинской части, затем кинотеатр Октябрь.

В 1990 году церковь возвращена верующим.