В 1781-1799 годах здесь помещался мужской Преображенский монастырь, в 1799 году преобразованный в архиерейский дом

Домовый Крестовый Митрофана, епископа Воронежского храм на втором этаже в корпусе архиерейских покоев. Построен в 1793 году, перестраивался в 1798 году и позже. Первоначально Стефановский, переосвящен в Митрофаниевский в 1836 году.

Церковь закрыта около 1918 года. С начала 1920-х годов здание занято краеведческим музеем.

Возвращён верующим в 2008 году.