Собор Софии Премудрости Божией построен по распоряжению царя Ивана Грозного в 1568-1570 годах. В 1571 году отделка приостановлена. Колокольня построена в 1654-1659 годах. Предтеченский придельный престол (в южной апсиде) освящен в 1587 году (упразднен в 1848 году). В 1644 освящен главный престол. Придел Феодора Стратилата освящен (год-?) (в северной апсиде)(в XIX веке упразднен). В 1686-1688 годах внутренняя отделка, росписи. В 1869-1870 годах надстроена колокольня.

В 1924 году собор закрыли. Здание храма передано музею. В 1960-е годы внутренняя реставрация, обновления росписи.