Ильинская деревянная церковь на погосте в Санницах упоминается в 1628 и в 1746 годах.

Каменная церковь Илии Пророка строилась несколько лет, начало строительства во второй четверти 19 века. В 1843 году построена трапезная (отапливалась). В 1851 году построена храмовая часть. Построена колокольня (год-?, вероятно 1851-й). В 1887 году церковь обнесена каменной оградой. Боковые приделы Сергиевский и Никольский, приделы в трапезной Покровский и Боголюбский.

В советское время, не позже 1930-х годов, церковь закрыли.

Храм возвращён верующим.