Согласно костромской писцовой книге 1628 года, в "новом городе" Костромы, где располагался торг, находились "места церковные Всемилостиваго Спаса происхождение Честнаго Креста и Рождества Пречистыя Богородицы". В шестидесятые годы XVIII века попечением купца Стефана Семеновича Белова здесь был возведен каменный Спасский храм в традициях архитектуры допетровского времени - пятиглавый, бесстолпный, одноапсидный - освящение которого состоялось в 1766 году.

В начале девяностых годов XVIII века при постройке Гостиного двора (Красных рядов) церковь оказалась во внутреннем пространстве рядов; одновременно, по-видимому, имевшуюся прежде колокольню разобрали, а взамен ее над юго-западными воротами выдающийся зодчий С.А. Воротилов в 1792-1793 годах воздвигнул новую колокольню в стиле позднего барокко. В 1803-1808 годах к храму пристроили теплый придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

В начале ХХ века причт храма состоял из священника и псаломщика. Из церковных святынь костромичами особенно почитались храмовая икона Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня - древнего письма, богато украшенная золотом, серебром, жемчугом и драгоценными камнями - и местночтимый образ святых мучеников и исповедников Гурия, Самона и Авива.

В 1929 году Спасская церковь была закрыта, с 1930 года в церковном здании размещался антирелигиозный музей. С конца тридцатых годов, после разрушения храмовых глав и колокольни, Спасская церковь использовалась как складское помещение.

В 1974-1976 годах главы и колокольня были воссозданы (авторы проекта - архитекторы Л.С. Васильев и В.С. Шапошников), однако кресты на храме установили лишь в 1992 году. В том же году по инициативе Костромской епархии на колокольне храма были установлены колокола; с этого времени ежедневно в полдень над центральной частью Костромы звучит колокольный звон. С 1986 года в Спасской церкви размещается выставочный зал историко-архитектурного музея-заповедника. К сожалению, несмотря на неоднократные обращения священноначалия Костромской епархии к государственным властям, вопрос о возвращении храма Спаса в рядах Церкви до сих пор не решен.