Церковь построена при Никольском училище в 1907-1908 годах на средства Марии Федоровны Морозовой. 16 ноября 1908 года церковь освящена. Чин освящения совершил протоиерей Ф. Загорский, в сослужении о. А. Молчанова, о. С. Красовского и двух приезжих священников при пении хора певчих «Саввы Морозова». Первым ктитором церкви назначен Тимофей Денисович Ануфриев. До постройки храма учащиеся училища ходили на причастие в церковь святого апостола Тимофея при богадельне (церковь обустроена при богадельни в 1894-1895 годах).

В советское время церковь закрыта. В здании училища находилась средняя школа № 3, в здании храма находился спортзал. Позже здесь находился Дом Учителя.

В 2012 году открыта Никольская классическая гимназия в здании бывшего Никольского училища, директором которой назначен благочинный протоиерей Андрей Коробков. Во дворе установлена небольшая звонница.