Вскоре после основания в 1793 году города Екатеринодар на северной окраине города устроен скит, подворье Балаклавского монастыря.

К середине девятнадцатого века в подворье построены молитвенный дом, временная часовня, два кирпичных дома для братии (сохранившиеся и поныне они находятся во дворе нынешнего техникума с восточной и южной сторон), настоятельский дом и несколько хозяйственных построек.

К концу девятнадцатого века руководство Георгиевского Балаклавского монастыря Таврической епархии в лице игумена Никандра обратилось в Городскую думу Екатеринодара с просьбой о помощи в строительстве на территории подворья каменной церкви во имя Святыя и Живоначальныя Троицы с часовней во имя Святаго Великомученика Георгия Победоносца. К тому времени благословение руководства Таврической епархии на постройку этой церкви уже имелось, однако монастырь не был достаточно богат, а большое расстояние от Балаклавы до Екатеринодара вносило многие трудности в дело строительства.

Закладка церкви, по сообщению воскресного выпуска «Кубанских Ведомостей» от 4 июня 1895 года, была намечена на следующее воскресение, 11 июня, но из-за непогоды была отложена и произошла ещё через одну неделю, в воскресение 18 июня после всенощного бдения с вечера субботы и Литургии, начавшейся в 9 часов утра. На закладке присутствовали представители городских властей, Городской Думы и настоятель Георгиевского Балаклавского монастыря Таврической епархии игумен Никандр, который в торжественном слове, сказанном по этому поводу, упомянул также, что на подворье будет устроена школа грамотности для детей бедных родителей, необходимость в которой давно назрела.

Постройка храма началась. История не сохранила имени архитектора и автора проекта храма. Достоверно известно лишь то, что строительство велось не без участия знаменитого архитектора Мальгерба — создателя кафедрального Собора во имя Святой Великомученицы Екатерины в центре Екатеринодара.

30 ноября 1903 года, в воскресение, на подворье Балаклавского Георгиевского монастыря в Екатеринодаре был освящен храм во имя Святаго Великомученика и Победоносца Георгия. Северный придел освящен в честь преподобного Маркелла и Марии Египетской, южный придел в честь Феодоровской иконы Божьей Матери.

После октября 1917 года в Краснодаре последней была закрыта Всесвятская церковь на городском кладбище. Действующим остался только Свято-Георгиевский храм. А с 1937 года по 1943 год на Кубани не было архиерея и епархия управлялась непосредственно Московским Патриархатом.

Церковь никогда не закрывалась, служба шла ежедневно, двери храма оставались открытыми для прихожан вплоть до нового периода истории Русской Православной Церкви, который начался с празднования 1000-летия крещения Руси.

История сохранила имена только некоторых настоятелей Свято-Георгиевского храма в XX веке.

В 1925-1927 годах настоятелем был священник Александр Маков. В военные годы до апреля 1943 протоиерей Николай Терновский. В 1945-1946 годах священник Павел Тройно. С 1946 по 1949 годы священник Василий Серебряков. В 1949-1950 годах настоятелем был протоиерей Георгий Скородумов. В 1950-1951 годах священник Георгий Ляшенко. С 1951 по 1966 годы протоиерей Борис Давыдов. В 1966-1972годы архимандрит Никон (Мозговой). Протоиерей Евгений Околот был настоятелем с 1972 по 1983 годы. С 1983 по 1985годы протоиерей Петр Гудзь. В самом конце XX века в храме служил один из почётных митрофорных протоиереев, имеющий многие воинские и церковные награды Петр Чалый. Почти полвека о.Петр отдал служению Церкви Божией, был любим и почитаем не только нашими прихожанами. Его знали во всём Екатеринодаре и крае как праведного молитвенника, мудрого советника и доброго человека. С 1985 года настоятель Свято-Георгиевского храма протоиерей Виктор Подгорный, стараниями которого сделаны многочисленные улучшения и преобразования как в храме, так и на прилегающей к нему территории.

По благословению Владыки Исидора вместо ветхого подсобного помещения построен двухэтажный дом, где разместилась воскресная школа, просфорня, канцелярия, трапезная, магазин церковной утвари и церковная библиотека.