До Преосвященного Иеремии в епархии отсутствовали женские монастыри. По его настоянию было принято решение об открытии двух женских монастырей: одного - в Черномории, другого - в Ставрополе. Благодаря энергичной помощи наказного атамана Черноморского войска генерал-майора Рашпиля в 1846 г. было начато устройство монастыря, а в 1849 г. благополучно окончено. 11 декабря 1848 г. последовало «Высочайшее блаженной памяти Императора Николая Павловича соизволение на учреждение в Черномории женской пустыни, а 21 сентября 1849 г., в день памяти святителя Димитрия Ростовского, состоялось открытие ее под названием Марие-Магдалинской женской пустыни».

С открытием монастыря осуществились давние мечты переселенцев - дать женщине христианское просвещение, в котором была острая необходимость по причине отсутствия женских учебных заведений. Кроме того, монастырь стал прибежищем для вдов и сирот, которых было немало после войны с горцами.

Почин возникновения женского монастыря исходил не от черноморцев, а от черноморок. Женщина потребовала этого. Богобоязненные черноморки, путешествовавшие в Киев и посещавшие разные монастыри, и иноки-казачки выразили свой ропот начальству, не заботившемуся об устроении казачьей женской пустыни.

Женская казачья обитель была заложена на полуострове реки Кирпилей близ Тимашевского куреня. Под нее Войском было отведено на глаз 171 десятина земли, а впоследствии при межевании в действительности оказалось свыше 500 десятин. Определено скромное штатное содержание в 470 руб. серебром из войсковых средств, внесено в кредитные учреждения 20 тыс. руб. серебром войскового капитала, проценты с которого в течение 20 лет должны были поступать в пособие обители, и предначертаны внутренние распорядки. На этих основаниях, с назначением пустыни для женщин войскового сословия и начала она существовать.77
«Для устройства этой обители была приглашена из Ладанского монастыря Полтавской губернии монахиня Митрофания. До пострижения в инокини она была вдова сотника Черноморского войска Байдалы. Прибыв в землю черноморских казаков с семью сестрами, из которых две были монахини - Филарета и Рафаила, она 22 июля 1849 г. посвящена была Преосвященным Епископом Кавказским и Черноморским Иеремиею в сан игуменьи и приступила к устройству пустыни на берегу р. Кирпилей, заняв для этого на указанном ей месте 300 десятин удобной земли, на которой выстроила сначала шалаши и поселилась в них вместе со своими сестрами; а молитвословие совершалось тогда в небольшом доме священником В. Мирошниченко и диаконом Н. Лозою. Так основана была эта пустынь.
Черноморцы, узнав об этом, целою толпою собирались в нее для молитвы и потом часто жертвовали деньги на ее устройство. Но, несмотря на это, средства пустыни на первых порах были в высшей степени незначительны, так что нельзя было приступить к постройке храма и келий. Когда же войско разрешило настоятельнице вывезти бесплатно строевой материал из Красного войскового леса, тогда было построено в ней несколько келий (корпусов). А в 1849 г. был построен в этой обители первый храм, купленный настоятельницей на слом в Старокорсунской станице за 142 р. 85 ? к. Храм перевезен был в обитель в том же году, поставлен и освящен во имя Покрова Богородицы. Затем от прихожан-черноморцев стали поступать пожертвования на устройство пустыни: деньгами, рогатым скотом и овцами, а купцы и жители города Москвы принесли в дар церковную утварь и деньги. Инокини проникали в Санкт-Петербург с книгами от местной консистории и приносили оттуда с собою деньги, утварь и ценные вещи. Такими сборщиками были монахини Рафаила А. Покатилова и другие сестры Марие-Магдалинской пустыни. Этими пожертвованиями обитель скоро устроилась. Затем настоятельница заменила деревянную ограду кирпичною стеною, выбеленною известью. Построила из кирпича несколько келий, дом для себя и при нем теплую церковь во имя Св. Марии Магдалины. В 1867 г. обитель эта уже походила на уютный дворец, и 21 мая того же года ее посетил Наместник Кавказский Великий Князь Михаил Николаевич. В память своего посещения Его Императорское Высочество изволил продлить для пустыни отпуск процентов с 20 тыс. рублей еще на шесть лет.

Игуменья Митрофания умерла 10 марта 1869 г. на 74-м году жизни. За неусыпную деятельность и устройство пустыни она награждена была наперсным крестом 16 июля 1857 г. Нельзя не относиться с уважением к такой светлой личности, какой была игуменья Митрофания. Она сумела выстроить храм, все здания обители и вообще была образцовою хозяйкою в этой пустыни. Что же касается образа ее жизни, то она была чуть ли не совершенством: ее зоркое око и энергичный, решительный характер держали в повиновении 259 сестер, любивших ее искренне за справедливость и прямоту. К заслугам ее принадлежит также проект постройки собора и образование капитала для этой цели. После смерти ее обитель управлялась тремя монахинями: Олимпиадою, Сарою и Серафимою».

В Ставропольской губернии не было почти ни одной станицы, откуда бы ни пришли казачки в монастырь на послушание. Были даже послушницы из станиц Кубанской области. С селами, из которых вышли монахини, монастырь поддерживал постоянную связь. Периодически монахини отправлялись домой, что оказывало благотворное действие на религиозные чувства местного населения.

При Германе, епископе Кавказском (1872-1886 гг.), настоятельницей монастыря была игуменья Олимпиада. Это была исполнительная, набожная женщина, к поручениям епископа она относилась скрупулезно. В распоряжениях епархиального начальства не раз отмечалась благодарностями. «На рапорт игуменьи Олимпиады от 22 декабря, при коем представлены были чертежи жилых корпусов, существующих в обители, и пояснительная записка к ним с точными и подробными сведениями об их постройке, преосвященный Герман, епископ Кавказский, 31 декабря изволил дать таковую рецензию: «Игуменье Олимпиаде выразить мою благодарность за точное выполнение моего приказания и обстоятельность доставленных ею по моему требованию сведений».

После Олимпиады обителью управляли Сарра и Серафима. «1 октября 1869 г. по баллотировке и с Высочайшего утверждения Олимпиада была посвящена в сан игуменьи епископом Кавказским и Екатеринодарским Феофилактом, с назначением настоятельницею этой пустыни. Тогда ей было от роду 50 лет.

Пробывши 20 лет при игуменье Митрофании, Олимпиада привыкла к деятельности и приобрела знание монастырских порядков. Поэтому ей нетрудно теперь поддерживать монастырское имущество и следить за сохранением его; гуманность же ее привлекает в эту обитель много сестер и поселяет в них усердие к трудам. При посещении обители епископом Кавказским и Екатеринодарским Германом в сентябре 1873 г. игуменья Олимпиада исходатайствовала у него разрешение на постройку собора, имея для этого 20 тыс. руб. Закладка собора во имя Святых Димитрия и Михаила и Вознесения Господня совершена была 8 июля 1874 г. отцом архимандритом Самуилом в присутствии начальника Кубанской области генерал-лейтенанта Н. Н. Кармалина, штаб и обер-офицеров и множества народа. По смерти архитектора стоимость постройки собора определена в 74 тыс. руб. А монастырские средства очень скудны теперь, поэтому настоятельнице игуменье Олимпиаде предстоит гораздо более затруднений в изыскании средств для постройки храма, нежели бывшей игуменье Митрофании при устройстве обители. Но мы надеемся, что с помощью Божиею она достигнет своей цели, ежели христиане Российской империи подадут ей руку помощи доброхотными подаяниями. Высоты стены собора этого сооружения уже на 16 ? аршин. А высота его до шара должна быть по окончании работ 55 ? аршин. Работы эти производятся по указанию строителя, керченского купца Н. С. Телепова, при наблюдении комитета под председательством настоятельницы игуменьи Олимпиады.
Нельзя пройти молчанием и деятельности отца архимандрита Самуила. Он как член комитета принимает горячее участие в постройке этого собора и своими полезными советами устраняет много затруднений. Нельзя также умолчать о трудах старших и младших сестер обители. Они, как муравьи, движутся около строящегося собора и работают без устали. Одни возят песок, другие - кирпич, третьи - известь или воду. Все это делается бесплатно, по неимению средств на эти работы. А когда Россия объявила войну Турции в 1877 г., семь из них охотно отправились в качестве сестер милосердия в Азиатскую Турцию. Там они находились до заключения мира, подавая помощь раненым. Возвратившись в пустынь по окончании войны с полученными ими медалями, они снова приступили к трудам при постройке собора. Жаль, что при скудных средствах пустыни этой жители Кубанского войска мало приносят доброхотных деяний на постройку собора. Но мы надеемся на их помощь в этом святом деле. В пустыни имеется женское училище и комната для больных, но медика и аптеки, к сожалению, нет. Здесь умирают монашествующие лица без медицинских пособий. В 1877 г. отмежевано пустыни 525 десятин удобной земли, на которой монахини занимаются земледелием и скотоводством. На этой земле устроены также несколько ветряных мельниц и кирпичный завод.
Отставной есаул Михаил Цвиринько».

Игуменья Серафима строго следила за выполнением устава монастыря. При ней обитель расширилась, старые постройки были снесены, а на пожертвования прихожан построены новые. При преосвященном Агафодоре (1893-1923 гг.) игуменье Серафиме удалось воздвигнуть на месте старейшего храма обители новый, более величественный. Постройка его обошлась в 15 тысяч руб., вместе с иконостасом работы московского художника Кудряшова. Для освящения этого храма 1898 г. в монастырь прибыл преосвященный Агафодор. Он был радостно встречен сестрами во главе с игуменьей у монастырских ворот. Освящение началось на другой день в 8 часов утра. Пришлых богомольцев было достаточно: обширный храм, прилегающие к нему коридор и зала были полны молящихся.
Проводя время в молитве и подвигах духовных, сестры занимались еще рукоделием и обучением детей. «Узнав, что в монастыре проживает до 50 девочек школьного возраста, частию родственниц монахинь, а частию привезенных родителями для воспитания и обучения, но что в обители нет школы для них, Владыка выразил о том сожаление и предложил игуменье, прежде всего, позаботиться об устройстве помещения для школы».81
По совету Агафодора игуменья устроила школьное здание так, что в нем было место для мастерских: иконописной, золотошвейной, ковровой. Пока это здание строилось, девочки занимались в трапезной. Их обучение было поручено вдове войскового старшины Анне Ивановне Холявко, которая после смерти мужа поселилась в обители. Забота об обучении детей была ей поручена еще потому, что она окончила курс Мариинской Екатеринодарской гимназии и была учительницей.

«Вопрос об организации и посильном открытии в Кубанской области исправительных детских приютов, прямо и отчетливо поставленный председателем правления, привлек своей гуманной нравственной стороной к себе общее сочувствие и содействие со стороны таких высокопоставленных лиц, как преосвященный Агафодор, епископ Ставропольский и Екатеринодарский, и нашел свое частичное осуществление 9 и 11 октября. Мысль о создании детских приютов при монастырях Кубанской области надлежит признать симпатичной и вполне удачной: отвечая лучшим традициям монастырской жизни, она в то же время удобно разрешает самую тяжелую из сторон задуманного дела - материальную.

Весьма естественно поэтому, что предложение об открытии приюта и сиротского дома при Лебяжской и Мариинской обителях, заявленное председателем правления Кубанского исправительного приюта А. Д. Бигдаевым, встретило необыкновенное сочувствие Его Преосвященства, авторитетно содействовавшего быстрому осуществлению столь благого дела…

Отдавая должное идейной стороне вопроса, мы тем с большей готовностию воспользовались любезным приглашением учредителя приютов А. Д. Бигдаева посетить монастыри, что интересовались отношением самой монашествующей братии к учреждаемым приютам.

Во время богослужения местным священником о. Иоанном прочтено было «воззвание», составленное председателем исправительного приюта А. Д. Бигдаевым; по заключении чтения священники обошли молящихся с кружками; собрано было 36 руб. на открываемый приют.

Глубокое впечатление произвела проповедь Его Преосвященства, сказанная на тему о любви к детям: старшие призывались властным словом Владыки к помощи и трудам на пользу бесприютным сиротам. Яркими чертами изображено было немощное положение нравственно порочных детей, и каждый из присутствующих убеждался живым словом Архипастыря в настоятельной необходимости помочь бедным сиротам.

«Честь и хвала учредителю детских приютов, честь и хвала женской обители, давшей в стенах своих приют бесприютным», - так закончил свое наставление высокий оратор.
И молящиеся поняли, что они присутствуют при освящении и открытии высокогуманного учреждения, таящего в самом себе зародыши великих благ…

По совершении литургии Его Преосвященством совершен был крестный ход, при колокольном звоне, в помещение школы будущего приюта, где отслужен был молебен, преподано учителю приюта (А. Д. Бигдаеву) и монашествующей братии архипастырское благословение на начатие доброго дела, подарена Владыкою икона Богоматери, покровительницы детского приюта. Далее крестный ход направился в помещение, отведенное для приюта (на 25 девочек), занимающее прекрасный недавно отстроенный дом в центральной части монастыря.

«И в самом деле: если общие педагогические заботы об образовании и воспитании детей подвигают на этот тяжелый, но славный труд лучших людей в мире, то насколько почетнее и почтеннее, возвышеннее и симпатичнее деятельность будущих блюстителей открываемых приютов».
Добрый почин сделан! Естественно ожидать дальнейшего развития столь симпатичного дела, как организация детских приютов и сиротских домов при монастырских обителях, призванных силою вещей культивировать в жизни своей начала высшего нравственного порядка».

В монастыре была небольшая библиотека, периодически пополнявшаяся литературой религиозного содержания. Часть книг была выведена в отдельное помещение (читальню), чтобы облегчить получение и обмен их, а для неграмотных, малограмотных, престарелых «стариц» организовано чтение. Обязанность чтиц выполняли как послушание самые грамотные монахини. Выбор же книг для библиотеки был возложен на ключаря обители.

Богослужение в монастыре совершалось неспешно, со строгим совершением устава, ежедневно. «По праздничным и воскресным дням совершается, кроме всенощного бдения, утренняя служба и обязательно две литургии - ранняя и поздняя».

Иконописные работы монахинь не раз заслуживали одобрение начальства. Над этой работой трудились 10 сестер, за их работой следила игуменья, а все они были самоучки. Иконы, выполненные в мастерской обители, стоили недорого - по 3 руб. Особого одобрения и внимания заслуживали золотошвейные ризы для икон. Особой популярностью пользовались они у жителей Черномории.

Жизнь монахинь не была такой спокойной, как это может показаться на первый взгляд. Среди казаков, пришедших в Черноморию, было немало разбойного люда. Игуменье не раз приходилось обращаться за помощью к начальнику Кубанской области. «Охрана Черноморской женской пустыни, подвергавшейся ночному разбою. - Господин Начальник Кубанской области письмом от 10 января за № 222 уведомил Его Преосвященство, нашего Архипастыря, что 31 декабря, на основании заявления настоятельницы Черноморской женской пустыни, предписано атаману Роговской станицы экстренно назначать, земским порядком, ежедневно по 8 человек конных казаков при уряднике для охраны по ночам упомянутой пустыни от вторичных покушений злоумышленников».

Бытовой уклад казачества был таков, что бедность и невежество угнетали именно женщину. В городах, где после отмены крепостного права резко возросло население за счет потока неимущих крестьян, положение женщин было не лучше. Поэтому сразу постричься в монашество было непросто: необходимо было согласие «общества», к которому был приписан, рекомендация благочинного, да и решиться на такой крутой перелом в жизни было нелегко.

Черноморский монастырь был открыт специально для того, чтобы служить убежищем для вдов и девиц собственно местного войскового происхождения. Во время Кавказской войны число вдов и сирот увеличивалось, и монастырь принимал все новых послушниц. Помимо войны, на Кавказ обрушилось еще одно несчастье - эпидемия холеры. Черноморская женская обитель, как могла, помогала страждущим. Во время войны среди медсестер было много монахинь. В приказах не раз отмечались монахини пустыни. С июня 1877 г. до января 1878 г. при госпитале Ардаганского отряда состояли одна монахиня и шесть послушниц. «Главное управление общества Красного Креста свидетельствует об их службе перед духовным начальством и признает ее заслуживающей особой награды».
____________________________________________

Священник Григорий Никольский (Марие-Магдалинский женский монастырь под ст. Роговской) убит красноармейцами 27 июня 1918 года после Литургии выстрелом в рот с криками: "И мы тебя приобщим".

_____________________________________________

Монастырь образован вновь в 1997 году (в 1995 году как скит).