Основан в 1597-1613 гг. курскими гражданами в память избавления Курска от разорения польским гетманом Жолкевским. Первоначально именовался Рождество-Богородичным и Большим в противоположность Коренной пустыни, которая была тогда приписана к монастырю. В 1631 г. он сгорел, а по возобновлении был разорен поляками. В 1б49 г. был построен каменный храм в честь иконы Божией Матери «Знамение», и с того времени монастырь стал называться Знаменским.
С1815 г. монастырь был существенно обновлен. Знаменский собор, замечательный по своей архитектуре, громадным размерам и изящной отделке, был освящен в 1826 г. В храме 4 придела; во имя св. блгв. кн. Александра Невского и свт. Митрофана Воронежского, во имя прп. Сергия Радонежского; в честь Сретения Господня; во имя свт. Николая Чудотворца. Крестовый храм во имя Трех святителей был построен в 1853 г.

На северной стороне Знаменского собора находилась драгоценнейшая святыня обители - чудотворная икона Божией Матери «Знамение», именуемая Коренною, или Курскою, празднуемая 8/21 сент. и 27 нояб./10 дек. Эта святая икона чудесно была обретена в 1295 г. на берегу р. Тускори одним из жителей г. Рыльска, который, ходя по лесу для охоты, увидел при корне дерева икону, обращенную ликом к земле, поднял ее, и оказалось, что это -икона Божией Матери «Знамение». На месте, где лежала святая икона, тотчас же открылся источник. Жители Рыльска поставили на этом месте часовню. В 1385 г. часовня была сожжена татарами, а икона рассечена пополам, но она опять явилась неповрежденной. Слух о чудотворной иконе дошел до царя Феодора Иоанновича, и она в 1597 г. была принесена в Москву и поставлена в царских чертогах. Украсивши чудотворную икону, царь Феодор Ио-аннович отпустил ее из Москвы в Коренную пустынь «с подобающею честию», приказавши построить в пустыни церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы. По возвращении иконы на месте ее обретения основан был монастырь (Коренная пустынь). В 1664 г. от вел. кн. Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича в Коренной монастырь был прислан список с чудотворной иконы «Знамение» с повелением боярам и воеводам носить эту копию с собою в походы. В 1687 г. чудотворная икона «Знамение» была носима
из Курского Знаменского монастыря в «большой полк». В 1689 г. снята была копия с чудотворной иконы Божией Матери «Знамение» в полки, отправлявшиеся в Крымский поход. С 1726 г. икона находилась в Курском Знаменском монастыре и только на 2 недели выносилась в Коренную пустынь. В 1806 г. последовал Именной Высочайший указ, которым велено, чтобы чудотворная икона с пятницы 9-й седмицы по Пасхе до 12/25 сент. находилась в Коренной пустыни, а остальное время - в Курском Знаменском монастыре. По месту обретения святая икона называется Коренною, а по месту нахождения - Курскою. В 1898 г. святая икона прославилась чудесным спасением от последствий взрыва в ночь на 8 марта динамитного снаряда, подложенного дерзкими злоумышленниками под самую икону. Ежегодно совершаемый со святой иконой крестный ход в пустынь и обратно в Курск представлял зрелище величественное по громадному стечению народа из Курска, окрестных селений и уездных городов на поклонение святыне. В монастыре находилась также Карповская Казанская икона Божией матери, перенесенная сюда в 1725 г. из Карповской пустыни.

Праздники: 8/21 сент. - Рождество Пресвятой Богородицы; 27 нояб./10 дек., в 9-ю пятницу по Пасхе - Курской Коренной иконы Божией Матери «Знамение».