Николаевская деревянная церковь упоминается в 1641, 1659, 1661 годах в старинных рукописях. Церковь находилась на месте, где сейчас спуск с улицы Радищева на улицу Дзержинского, рядом со сквером.

В 1763-1771 году построили каменную церковь, на месте старой. Главный престол освящен в 1782 году. Приделы построены в 1809 и 1843 годах. Шатер колокольни и притвор завершены к 1900 году. Близость с городским рынком церковь в народе стала именоваться Николаевская на Торгу.

Церковь закрыли в 1935 году. При строительстве здания по Красной площади №6 церковь снесли. Кирпич использовали при строительстве здания цирка на Красной площади в 1937 году.