Все дороги православных жителей и гостей столицы ведут к этому храму. В старой части города он виден отовсюду. Как
утверждают историки, первый сохранившийся документ, в котором говорится о Свято-Духовом монастыре, датируется 1605 годом.

Одним из первых
высокопоставленных лиц, посетивших монастырь, был император Александр I, выделевший субсидию на ремонт зданий.

В 1814 году в подземном склепе, где теперь оборудована уютная пещерная церковь, были обретены нетленные мощи святых
Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия, канонизированных Костантинопольским патриархом в 1374 году.
22 декабря 1913 года архиепископом Литовским и Виленским назначен Тихон (Белавин) впоследствии митрополит Московский и
Коломенский, избранный в 1917 году на Всероссийском Поместном Соборе, Святейшим Патриархом Московским и всея Руси, и в день
памяти апостола и евангелиста Иоанна Богослова, в 1989 году, причисленный к лику святых.

Весной 1944 года епархию потрясла трагедия, митрополит Виленский и Литовский Сергий (Воскресенский), Экзарх Латвии и
Эстонии, был расстрелян на дороге Вильнюс - Каунас, неизвестными в немецкой форме. Владыка Сергий, в это нелегкое время
старался в условиях «нового порядка», вести осторожную политику, всячески подчеркивая свою верность Московской Патриархии. Прибалтийский
регион, на всей оккупированной территории СССР, был единственный, где сохранился и даже вырос экзархат Московской
Патриархии
Единственным уроженцем Вильнюса, ставшим правящим архипастырем Литовской кафедры, был архиепископ Алексий
(Дехтерев).

Вторая мировая война застала его белоэмигранта, настоятелем Александро-Невской церкви города Александрии в
Египте. По доносу, египетская полиция арестовала его в 1948 году, продержав в тюрме почти год. Пассажирский корабль, бывшего капитана дальнего
плавания, увозивший его на Родину назывался... “Вильнюс”, и на родной Литовской земле, с 1955 года, Владыка Алексий
оставался до последних своих дней.

Во время отмечавшегося 400 летия монастыря и 650-летия кончины свв. Виленских мучеников, епархию посетил Патриарх
Московский и всея Руси Алексий II. В Свято-Духовом монастыре расположена резиденция правящего архиерея – митрополита
Виленского и Литовского
Хризостома, священно-архимандрита монастыря.