История основания женского монастыря Покрова Пресвятой Богородицы тесно переплетается с созданием Магаданской и Чукотской епархии. А епархия начиналась так.

Первый епископ новой епархии Преосвященнейший Аркадий (Афонин) благословил на базе начатого строительства возводить корпус будущего женского монастыря, который бы включал в себя храм и жилые сестринские кельи. Владыка Аркадий планировал, что в стенах монастыря будут находиться 2 мантийные и 10 рясофорных монахинь. Когда монастырский комплекс был построен, и служащий при храме иеромонах Серапион благословил послушниц занимать кельи, - начались богослужения, в которых послушницы принимали деятельное участие – несли клиросные послушания. В 1994 г. владыка Аркадий назначается на другую кафедру, а его приемником становится Владыка Ростислав (Девятов), который при Покровском храме планирует устроить мужской монастырь миссионерской направленности. Послушницам благословляется нести клиросное послушание при кафедральном соборе Сошествия Святаго Духа на Апостолов. В тоже время ведется работа по устройству женского монастыря в другом месте (п.Уптар, 47 км. основной трассы, в бывшем детском саду). План по созданию мужского монастыря не был осуществлен. Храм Покрова Пресвятой Богородицы становится впоследствии приходским.

Но с приездом третьего епископа Магаданского и Чукотского Преосвященнейшего Анатолия женский монастырь планируется на прежнем месте. При Покровском храме образуется женская община из 5 человек, желающих принять монашество, во главе с монахиней Софией (Постельняк). Со временем община пополняется.

На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви, прошедшем под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 6 октября 1999 года, благословлено преобразовать Покровский приход в г.Магадане в Покровский женский монастырь и утвердить настоятельницей монастыря монахиню Софии (Постельняк) с правом ношения наперстного креста по должности.

В Свято-Покровском монастыре находится местночтимая икона Пресвятой Богородицы – “Магаданская”, изображающая Ее восседающей на престоле с венцом на главе в окружении Архангелов Михаила и Гавриила, в руках Царицы Небесной свиток со словами “Спасение за прощением, прощение за покаянием”.