Троицкая церковь являлась самым древним каменным храмом Царевококшайска. Она построена в 1736 году во времена царствования императрицы Анны Иоанновны на средства царевококшайского купца Стефана Вишнякова и крестьянина деревни Жуково Алексея Осокина. Изящный храм очень эффектно смотрелся на берегу Кокшаги, заметно отличаясь своей архитектурой от других городских церквей. На верхнем этаже располагался главный храм во имя Св. Троицы, а на нижнем — во имя святителя Николая Чудотворца. В верхнем храме имелся деревянный четырехъярусный иконостас, окрашенный белой краской и украшенный золоченной резьбой с 8 деревянными колокольчиками. 64 иконы иконостаса размещались в тонких серебряных, медно-серебряных и медно-золоченых с серебряными венцами ризах. Имелись иконы без риз. В нижнем храме иконостас был двухъярусным. Выделялись иконы Вседержителя, Печерской Божией Матери, Николая Чудотворца. В трапезной верхнего этажа имелись хоругви, образ Божией Матери Троеручицы, а в алтаре — выносной крест и иконы в дорогих ризах — Казанская и другие. При храме была церковная библиотека, состоявшая в 1915 году из 420 томов. В приход храма входили деревни Жуково, Ширяйково, Сидорово, Марково, Кожино, Пахомово, Туруново и часть горожан Царевококшайска. При храме существовала Троицкая женская церковноприходская школа. К церкви было приписано три часовни: в Жукове во имя св. великомученика Георгия Победоносца; в Сидорове и Турунове - во имя святителя Николая Чудотворца.

После революции и гражданской войны для храма и прихода настали трудные времена. В 20-е годы отношения между общиной верующих и городскими властями складывались на договорной основе, но уже в 1932 году комиссия при Мароблисполкоме вдруг “нашла некие нарушения” договора со стороны общины. В действительности в условиях разнузданной атеистической пропаганды “советская общественность выразила пожелание” закрыть храм, превратить его в памятник архитектуры. Договор 1922 года с общиной был расторгнут, решено здание передать под музей. Так церковь была закрыта, культовое имущество распределено по другим храмам, частично пополнило музейные фонды. Само здание церкви советским властям скоро оказалось не нужным, ибо оно “портило” облик новой социалистической Йошкар-Олы. Храм пустовал и разрушался, а летом 1939 года был разобран до первого этажа. Несколько десятилетий развалины церкви, поросшие бурьяном, стояли во дворе автохозяйства.

С 1995 года храм возрождается.