Каменный храм в селе Упша был построен в 1823 г. старанием священника Стефана Ефимовича Селивановского и прихожан. Сначала он был однопрестольным: в 1824 г. престол был освящен только в приделе во имя святых Афанасия и Кирилла архиепископов Александрийских. Главный престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы был освящен в 1834 г., так как в храме и после постройки постоянно шли строительные работы.

Покровская церковь несет в себе черты архитектуры позднего классицизма. Простота и строгость объемов, арочные оконные проемы и декор в виде пилястр, рустованных на основном кубе храма, придают храму величественность и строгую сдержанность.

Первым священником церкви был Стефан Селивановский, служивший здесь почти 40 лет с 1819 по 1858 г. Распространяя Веру Христову среди марийцев, отец Стефан в 1831 г. заслужил благодарность от Преосвященнейшего Епископа Вятского Кирилла.

В 1917 г. при храме работала церковноприходская школа, где обучалось 55 мальчиков и 21 девочка, имелась церковная библиотека.

В советский период община верующих заключила договор с Краснококшайским Советом на использование здания церкви. Священником в 20-е годы был Николай Смирнов. В 1922 г. из храма было изъято в пользу голодающих 10 фунтов 6 золотников серебра 84-й пробы, в том числе большой крест, оклад большого напрестольного Евангелия, потир, церковная утварь.

Покровская церковь действовала до 1938 г. Весной 1941 г. местные власти приняли постановление о закрытии храма, а в мае 1941 г. указом Президиума Верховного совета МАССР церковь была закрыта. Здание предполагалось передать под “культурное учреждение”, но длительное время здесь находился зерносклад колхоза “Упша”. В марте 1991 г. была зарегистрирована община верующих. Проведены реставрационные работы. Храм возродился.