Построен не позднее второй четверти XVI века (предположительно 1530, по другим источникам 1617, 1624) около Государева Колымажного двора, где вначале находились конюшни, затем царские кареты, возки и колымаги (в 1830 ликвидированы, с 1912 на этом месте — Государственный музей изобразительных искусств им. А.С.Пушкина — ГМИИ). Одноглавый, бесстолпный каменный храм с престолом священномученика Антипы, епископа Пергамского, позднее стал главным ядром ныне существующего комплексного здания. В 1722 к этому храму с юга, вместо галереи, пристроили придел святителя. Николая Чудотворца (перестроен в храм в 1739 — 41 князем С. А. Голицыным), а в 1773 северный придел великомученицы Екатерины (в цокольном этаже; интерьер переделывался в конце XVIII в. и в 1841). В 1798 возведены двухъярусная колокольня с находящимся в ней северным приделом Рождества Иоанна Предтечи (в овальной форме), с запада — небольшая трапезная-притвор. Храм обновлялся в начале XIX в. и в 1901 году.




Придел святителя Николая Чудотворца (в стиле барокко), трапезная-притвор и колокольня с приделом (в строгих классических формах) скрыли основное ядро (главный храм) здания. В нем вместо традиционной одной алтарной части (апсиды) две асимметричных с главкой над приделом Григория Декаполита (южная алтарная часть). Заканчиваются вместо карниза двумя рядами маленьких декоративных кокошников. Внутри главного храма крестчатый свод, без столпов. Световой барабан увенчан шлемовидной главой.

Закрыт в 1929. Использовался под жилье, затем как подсобное помещение ГМИИ, который продолжает сохранять аренду. В 1950-х разрушены купола и глава придела святителя Николая Чудотворца. Внутри придела и на сводах трапезной сохранились фрагменты первоначальной росписи с растительным орнаментом, на сводах и нишах Предтеченского придела — стенопись середины XIX в. С конца 1960-х реставрировались все три основные части храма с возрождением древних форм его главной части (архитектор Л.А.Давид).

Община храма существует с 1991.