Храм построен в 1765 в Переяславской ямской слободе (осн. вXVI в. Б. Годуновым) на месте одноименного храма (1712; его предшественник — храм Усекновения главы Иоанна Предтечи, ок. 1556, название по тезоименитству Ивана Грозного). С зап. пристроена трапезная с трехъярусной колокольней.

Главный престол - иконы Божиеи Матери «Знамение», приделы - Усекновения главы Иоанна Предтечи (юж.), святителя. Николая Чудотворца (сев.).

В 1888 перестроен (об этом событии - памятная мраморная доска на юж. стене трапезной, ок. свечного ящика): алтари боковых приделов выдвинуты в одну линию с главным престолом, застроена с боков колокольня. Пристройки с сев. и юга расширили основной храм. Ограда и ворота — XIX в.

Одноглавый, квадратный, с верхним ярусом, куполом. В вост. части трапезной (на втором этаже) хоры. Колокольня — четырехугольная, трехъярусная.

Не закрывался. В него после 1917 переносились святыни из закрытых храмов. На колокольне сохранились колокола. В 1979 и в начале 1980-х ремонтировался. В 1980 освящен приставной престол во имя мученика Трифона. Новый престол — из 250-летнего дуба, работы краснодеревщика В. И. Кудинова.

Святыни — в предтеченском приделе: на престоле — ковчежец с частицами мощей угодников Божиих; деревянный крест-распятие (XVIII в.) из разрушенного Страстного монастыря; на горнем месте — крест (1652) из разрушенной в 1929 часовни у Крестовской (Троицкой) заставы Камер-Коллежского вала (первоначально был поставлен у заставы в память о встрече на этом месте мощей святителя Филиппа, митрополита Московского, здесь останавливались для поклонения богомольцы, направлявшиеся в Свято-Троице-Сергиеву Лавру). Храмовая икона «Знамение» (список XVII в. с новгородского подлинника). Крест-мощевик со многими святыми мощами.

Особо чтимые иконы: мученика Трифона с частицей его святых мощей (из закрытого храма мученика Трифона в Напрудном, с сев. на клиросе главного престола), Иоанна Предтечи (XVIII в.), преподобного Макария Калязинского, святителя Николая Чудотворца (XVIII в.), святых Адриана и Наталии (из закрытого храма святых Адриана и Наталии в Мещанской слободе), святителя Феодосия Черниговского (с частицей его облачения), преподобного Серафима Саровского (с частицей его гроба), преподобного Филарета Милостивого.

В декабре 1997 освящен каменный крестильный храм во имя священномученика Александра Хотовицкого.