Спасо-Преображенский собор построен и благоукрашен иждивением первых государей рода Романовых: Михаила Феодоровича и Алексея Михайловича на месте древнего храма, сооруженного в 1491-1497 гг. над могилами бояр Романовых, предков царственного дома и разобранного «до подошвы» при Михаиле Феодоровиче. Новый собор, ставший по своей величине первым после Успенского собора Кремля, своими сводами покрыл могилы бояр Романовых — предков царственного Дома. Среди погребенных в усыпальнице в подклете собора: родоначальник Романовых — боярин Роман Юрьевич Захарьин (†1543), отец Патриарха Филарета Никита Романович Юрьев (в схиме Нифонт, †1586), мать царя Михаила Федоровича — Ксения Иоанновна Романова (Вел. государыня инокиня Марфа, †1631) и его дочь царевна Ирина Михайловна (†1679), другие представители рода Романовых и других знатных родов. В усыпальнице погребены видные иерархи Церкви, среди них — епископы Порфирий (Успенский, †1885) и Петр (Екатериновский, †1889).

Последними представителями рода Романовых, нашедшими место упокоения в стенах обители, стали инокиня Досифея (княжна Тараканова, ум. 1810) и великий князь Сергей Александрович (ум. 1905) - генерал-губернатор Москвы, командующий Московским военным округом, сын Императора-освободителя Александра II и дядя святого страстотерпца императора Николая II.