Храм во имя святителя Николая примыкает к братскому корпусу с северо-западной стороны. Построили его в 1652 году на средства князя Я.Черкасского, изначально он был больничным.

В подвальном этаже церкви находились печально известные «каменные мешки», куда помещали особо опасных — с точки зрения власти — преступников. Полтора месяца пробыл здесь бывший настоятель Троице-Сергиевой обители преподобный Дионисий, обвиненный завистниками в ереси.

Никольский храм имел отдельный вход с улицы и, возможно, по этой причине при большевиках не закрывался дольше других монастырских церквей. Богослужения здесь продолжались до 1926 года. Тогда монастырь полулегально существовал под видом приходской общины «Братство Преображения Господня».

В 1930-е годы Никольскую церковь приспособили под склад конфискованной мебели и картофелехранилище.