Постр. в 1868—70 (арх. М.Д.Быковский) в с. Ховрине, на р. Лихоборке, на средства его владельца Е.В.Молчанова. Назв. с. связано со старинным, знатным родом Ховриных-Головиных, берущим свое начало от греч. купца из Сурожа Стефана Васильевича, приехавшего в Москву в конце XV в.

Предшественники храма — два деревянных, известных с XVI в. и 1646 и один каменный — 1748. Главное здание усадьбы -1895—1900 (арх. Л.Н.Кекушев, на средства купцов и меценатов Грачевых). В 1897 в храме венчался с И.М.Рунт поэт В.Я.Брюсов. В 1900 установлен мраморный иконостас (иконы работы худ. Малышева). Пол - мозаичный, стены облицованы разноцветным мрамором. Пять шатровых глав.

В русско-византийском стиле. Четырехугольный, с восьмигранным световым ярусом. На фронтоне сев. стены сохранился медальон-горельеф мученика Евграфа.

Закрыт в 1939, настоятель арестован. Храм переоборудован под производственное помещение, главы разобраны. С 1960-х занят артелью слепых, затем гаражом московского специального пуско-наладочного управления треста Рыбстроймонтаж СССР. Сломаны 4 небольшие главки, окружавшие по углам центральную главу (снесена). Две передние были колокольнями.

Осв. 3.1.1992. Проводилась реставрация. Главные престолы: верхнего храма — иконы Божией Матери «Знамение», нижнего — свт. Николая Чудотворца. Приставной придел верхнего храма - мученика Евграфа (во имя небесного покровителя Е.В.Молчанова).
При храме — баптистерий для крещения взрослых, воскресная и хоровая школы, библиотека.
Приписан строящийся храм св. равноапостольного кн.Владимира на Химкинском кладбище.