Постр. в 1686 усилиями дворцовых поваров, хлебников и сторожей на месте существовавшего с 1649 (перестр. в 1669) храма, ок. Государева дровяного (щепного) двора,
на к-ром делались срубы для дворцовых зданий. По одной из версий, название храма произошло от иконы свт. Николая Чудотворца, явленной в с. Щепы.

Главный престол — свт. Николая Чудотворца.
При трапезной — придел преп. Феодосия киновиарха (в 1818 переосвящен во имя сев. апостолов Петра и Павла). В нач. 1773 в трапезной устроен придел праведных Симеона и Анны на средства жены титулярного советника Анны Ивановой (в 1884 перенесен в юж. пристройку храма). Невысокая колокольня со шпилем — 1813. Обновлен в 1888. Ограда — XIX в. Славился богатством убранства (в значительной степени за счет царских вкладов), четырехъярусным резным иконостасом (московское барокко, XVI1 в., «великолепный, высокой резьбы, с ажурными изящными колоннами; оклады красивой чеканки»), иконами XVII— XIX вв., напрестольным Евангелием (1668) и чтимой иконой свт. Николая Чудотворца, ценными церковными резными сосудами и окладами.

Закрыт в 1934. Подвергся разграблению, переделке и разрушению. Барабаны, главы, верх колокольни сломаны. Надстроен до внешней неузнаваемости. Долгое время в нем размещался заводской цех производственного объединения «Художественная гравюра». Возвращен РПЦ в 1994. Ведутся реставрационные работы.