Церковь построена на средства одного из крупнейших московских благотворителей своего времени, предпринимателя Николая Ивановича Боева в 1893 - 1894 годах. Боев пожертвовал Московскому городскому общественному управлению на благотворительные нужды около 1,2 млн. рублей. Из этих средств 750 тыс. рублей он выделил на устройство и содержание «Дома призрения престарелых и неспособных к труду инвалидов» имени братьев Боевых, на 300 человек. Участок бесплатно отвела Городская дума.

Домовая церковь святителя Николая Чудотворца, с приделами Св. Петра и Св. Елисаветы – во имя небесных покровителей членов семьи Боевых, была освящена летом 1894 года митрополитом московским Сергием, в присутствии Московского генерал-губернатора Великого Князя Сергея Александровича и Великой Княгини Елизаветы Феодоровны.

В советское время церковь закрыли. Помещение подверглось перепланировке, в частности, было разделено на 2 этажа: на первом актовый зал, а второй по большей части столовая.


По многочисленным просьбам пациентов в 2001 году в алтарной части бывшей церкви на 2-ом этаже был оборудован, освящен и вновь открыт для служения храм св. Николая. Храм является закрытым, посещать его могут только пациенты центра и медицинский персонал.