Престолы: Троицы Живоначальной.

В 1792 г. граф Шереметьев Николай Петрович заложил в «Черкасских огородах» странноприимный дом для странников, престарелых, увечных, бедных. Первоначальный проект составил ученик и родственник Василия Баженова архитектор Е.С. Назаров. Центром здания стала домовая Троицкая церковь, освященная в память о разобранной одноименной церкви князей Черкасских. От нее полукругом расходились два крыла так, что здание имело вид подковы: в одной части располагалась больница, в другой — богадельня, разделяемые церковью. В 1803 г. графиня Шереметева умерла от чахотки, и в память о супруге Н.П. Шереметев поручил архитектору Джакомо Кваренги перестроить странноприимный дом, придав ему облик дворца. Левое крыло занимала двухэтажная богадельня, правое — больница, а разделяла их Троицкая церковь, отделанная заново по чертежам Кваренги. По мысли графа Шереметева, «вокруг церкви помещаются все облагодетельствованные — увечные, старые и больные, получая через богослужение нравственное утешение и объединение». Храм был отделан мрамором и зеленым уральским камнем в итальянском стиле и расписан знаменитым итальянским мастером Доменико Скотти; интерьер украсили горельефы «Избиение младенцев» и «Воскрешение Лазаря», исполненные Г.Т. Замараевым. Открытие странноприимного дома и освящение Троицкой церкви должно было состояться 23 февраля 1809 г. — в день памяти графини и в год столетия Полтавской битвы, в которой сражался дед основателя. Однако незадолго до назначенной даты, 2 января, Н.П. Шереметев умер от простуды. Открытие странноприимного дома было приурочено ко дню рождения Н.П. Шереметева и состоялось на следующий год, 28 июня 1810 г. Новая Троицкая церковь осталась трехпрестольной, но ее боковые приделы были освящены во имя свт. Николая Чудотворца и свт. Димитрия Ростовского — небесных покровителей Н.П. Шереметева и его сына; а в память о престоле прп. Ксении была построена маленькая часовня в саду.

В 1919 году на базе странноприимного дома открылась Московская городская станция скорой помощи. 20 апреля 1922 года во время изъятия церковных ценностей из Троицкого храма вывезли более семи пудов серебра, золотой крест, бриллианты, жемчужную ризу. В тот же год храм был закрыт, так как по закону все домовые храмы подлежали упразднению. В 1923 году по приказу наркома здравоохранения Н.А. Семашко в Шереметевской больнице был устроен Институт травматологии и неотложной помощи, который позже стал называться НИИ скорой помощи им. Н.В. Склифосовского. Храм был переделан в вестибюль, в нем разобрали иконостасы, наиболее ценные образа отправили в Третьяковскую галерею. Замараевские горельефы получили трещины и сколы, декор Кваренги был уничтожен, лишь частично сохранилась роспись, но и та под побелкой.

В 1945 г. выдающийся хирург С.С. Юдин предложил реставрировать историческое здание и бывший храм, чтобы «раскрыть гениальные архитектурные творения Кваренги», и сам участвовал в работах. В 1953 г. полученную им Сталинскую премию хирург направил на реставрацию живописи домовой Троицкой церкви, в стенах которой создавали музей медицины, и передал в него свои архивы.

В январе 1992 г. была зарегистрирована община храма во имя Троицы Живоначальной при Институте скорой помощи им. Н.В. Склифосовского, настоятелем прихода назначен известный московский священник Алексий Грачев, врач-педиатр по образованию (1959-1998). В 2001 г. постановлением правительства Москвы странноприимный дом было решено реставрировать и восстановить первоначальный облик здания времен графа Н.П. Шереметева. В домовом храме, который вернули Православной Церкви, были восстановлены иконостас, барельефы, колоннада из белого мрамора и подкупольная фреска. 4 июня 2003 г. над куполом был установлен и освящен крест.