Церковь построена фондом Веротерпимость и гражданское согласие в 1996-1997 годах, архитектор Р.Ж.Баязитов.

Храм святителя Николая Мирликийского в Отрадном входит в Храмовый комплекс «Новый Иерусалим», который включает в себя храм Святителя Николая, архиепископа Мир Ликийского, чудотворца и часовню Великомученика и целителя Пантелеймона, татарскую суннитскую мечеть Религиозного объединения мусульман «Ярдам (Помощь)», Азербайджанскую шиитскую мечеть «Инам», синагогу Московской еврейской религиозной общины в Отрадном «Даркей Шалом».

Весь этот комплекс российских традиционных религий был построен предпринимателем-меценатом Рашидом Баязитовым, мусульманином по вере. Рашид Баязитов владелец крупной строительной компании. Живет в Москве, но строит по всей России, в основном детские сады и школы. По своей личной инициативе помогает восстанавливать мечети и православные храмы.

Храм был заложен 8 сентября 1997 года и освящен 30 декабря 1998 года. В храме 3 придела. Центральный освящен в честь Святителя Николая Чудотворца, правый – в честь чудотворной иконы Богородицы «Отрада или Утешение» (почитаемый список находится в этом же приделе), а левый – в честь Преподобного Сергия Радонежского.

В октябре 2000 года на базе храма и часовни Указом Святейшего Патриарха образовано Патриаршее подворье, а организация богослужения возложена на архиепископа Белгородского и Старооскольского Иоанна, Председателя Миссионерского отдела Московского Патриархата, и клириков Миссионерского отдела.