Постр. в 1625 (главный престол — свт. Николая Чудотворца) в Подкопаях (место, где добывали глину, подкапывая холм). Его предшественник известен с 1494 в великокняжеском загородном дворе. Перестр. в 1700 (получил шестигранное завершение). Принадлежал Ивановскому монастырю. В 1750—59 на средства прихожан постр. отдельно стоящая сев. храма колокольня, перестр. трапезная с приделами, к 1786 — с юж. и сев. входа — открытые паперти. Сильно пострадал от пожара 1812 и был упразднен. В 1855 передан для подворья Патриарха Александрийского (в наст. вр. представительство Александрийского Патриархата находится при храме Всех Святых на Кулишках).

Восстановлен в 1858 году(арх. Н.И.Козловский). Coop. куполообразная, сферическая кровля, переделана колокольня. Заново постр. трапезная с приделами (сев. — преп. Сергия Радонежского, юж. — сет. Николая Чудотворца). В 1859 осв. как главный престол — Казанской иконы Божией Матери. В 1887 на линии Подколокольного пер. возведена часовня при храме. Кубический, одноглавый, одноэтажный храм (оба придела с зап. — одноглавые). Купол с шестигранным завершением. Под куполообразной кровлей на постаменте шестигранника — лепной барочный декор.

При перестр. в 1850-х зап. портик стал главным (под ним стилизованная под древнерусскую гирька под круглым киотом). Трапезная с крестовыми сводами и колокольня — в духе барокко. Колокольня — трехъярусная с «пучками» колонн. Шатровая часовня в стиле арх. XVII в., завершена двумя рядами кокошников.

После 1917 закрыт. В нем находился полиэтиленовый завод. Сломаны основная глава и главки приделов, сделаны пристройки и внутри — межэтажные перекрытия. Часовня закрыта в 1929.

Возвращен РПЦ в 1991. При храме — детская воскресная школа, православная школа риторики для взрослых, ведется просветительская работа в Таманской дивизии.

Приписана Часовня Николая Чудотворца в Подкопаях