Первый храм в честь апостола Иоанна Богослова построен в селе Чемал в 1849 году. Остров Патмос на реке Катунь, названный так в честь греческого острова, на котором проповедовал святой апостол Иоанн Богослов, был освящен епископом Томским и Енисейским Парфением (Поповым) в 1855 году. В 1915 году здание Иоанно-Богословского храма перенесено на остров из села Чемала. Освящение храма совершено епископом Бийским Иннокентием (Соколовым) в том же году. Святитель Макарий (Невский), бывая в Чемале, подолгу молился на острове Патмос.

В 1920-е годы храм разрушен.

Фото-художник Павлов Виктор Николаевич с супругой в 2000 году построили и безвозмездно передали Барнаульской епархии церковь и все постройки. В 2001 году храм освящен епископом Барнаульским и Алтайским Антонием (Масендичем), являлся скитом Барнаульского Знаменского женского монастыря. Церковь расположена на острове Патмос, кельи и служебные помещения размещены рядом с островом, на берегу реки Катунь.