Основан в 1282 сыном святого благоверного князя Александра Невского святым благоверным князем Даниилом, родоначальником московских князей, незадолго до кончины по обычаю того времени принявшим схиму. Похоронен в монастыре. Мощи его обретены в 1652. Монастырь назван в честь небесного покровителя святого князя Даниила — преподобного Даниила Столпника. В 1293 разорён во время монголо-татарского набега («Дюденева рать»). В 1330 сын святого Даниила Великий князь Иван Данилович Калита перевёл часть даниловской братии в Кремль, к храму Спаса на Бору. На прежнем месте осталось несколько монахов, и монастырь существовавший при деревянном храме преподобного Даниила Столпника и приписанный к Спасскому монастырю, вскоре пришел в запустение. Возобновлён царем Иваном Грозным (1560). Обнесен каменными стенами с башнями (вторая половина XVI века). В 1561 святителем Макарием, митрополитом Московским освящен каменный храм во имя Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Разобран за ветхостью во второй половине XVII века и на его месте построен новый двухэтажный храм (перестроен в 1729). В 1752 над его западной папертью coopужена башенка с храмом преподобного Даниила Столпника.

В 1591 во время нашествия крымского хана Казы-Гирея у стен монастыря располагался «гуляй-город» — передвижное укрепление, отразившее первый натиск неприятеля. 1 декабря 1606 выдающийся русский военачальник М.В.Скопин-Шуйский собрал у Данилова монастыря свои полки с тем, чтобы нанести сокрушительный удар мятежным отрядам разбойника М.Болотникова. В сентябре 1610 отряды Лжедмитрия II («Тушинского вора») и пана Гонсевского подвергли монастырь обстрелу, повредив его стены и башни. После Смутного времени монастырь быстро восстановили.

Во второй половине XVII — первой половине XVIII века в монастыре ведется интенсивное каменное строительство.

В 1770—72 во время эпидемии чумы в монастыре учредили карантин, братию перевели в Донской монастырь. После окончания «моровой язвы» в живых остался только настоятель Данилова монастыря архимандрит Иустин.

В 1812 строения монастыря остались неповрежденными. Часть имущества была разграблена наполеоновскими войсками, храмы осквернены, в монастыре устроили бойню для скота. Вскоре после изгнания неприятеля восстановлен. В 1877—78 в монастыре размещался госпиталь для раненых и больных воинов.

Монастырь был известен своим некрополем. Здесь были упокоены: архиепископ Вятский и Великопермский Дионисий (Ушаков, в схиме Димитрий, 1721), архиепископ Астраханский и Ставропольский Никифор (Феотоки, 1800), митрополит Мцхетский, Тифлисский и Карталинский Варлаам (в миру — князь Эристов, 1830), протоиерей Димитрий Касицын (1901) — издатель журнала «Душеполезное чтение», архимандрит Тихон (Руднев, 1904) — духовный писатель, один из руководителей «Общества любителей духовного просвещения», представители российской аристократии: Барятинские, Волконские, Вяземские, Голицыны, Горчаковы, Львовы, Мещерские, Путятины, Урусовы, Щербатовы, Кутайсовы, Воейковы, Дашковы, Ермоловы, Языковы, Соллогубы.

В монастыре были также похоронены выдающиеся представители ученого, литературного, музыкального и художественного мира Москвы: писатель Н.В.Гоголь, поэт Н.М.Языков, духовная писательница А.Н.Бахметева, поэт, публицист, богослов Л.С.Хомяков, славянофилы: Ю.Ф.Самарин, князь В.А.Черкасский и А.И.Кошелев, ученый-славист Ю.В.Венелин, юрист, историк и краевед П.В.Хавский, историк русской литературы Н.С.Тихонравов, художник В.Г.Перов, основатель Московской консерватории Н.Г.Рубинштейн. При советской власти кладбище было закрыто, и прах видных деятелей культуры перезахоронен на других кладбищах.

Монастырь закрывали в несколько этапов, начиная с 1918. В 1920-х настоятелем монастыря был архиепископ Феодор (Поздеевский, в схиме Даниил, ск. 1937) — бывший ректор Московской духовной академии. Некоторое время в монастыре действовала Высшая Богословская школа. В монастыре проживали архиереи, насильственно лишенные своих епархий, монахи из Оптиной пустыни. В 1923 закрыт храм преподобного Симеона Столпника и передан под жилье. В 1925 монастырь лишился колоколов (находились в Гарвардском университете, США, возвращены). В 1929 закрыт Троицкий собор и переделан под склад зерна. В 1930 монастырь закрыт окончательно. С 1932 монастырские богослужения совершались в храме Воскресения Словущего в Даниловской слободе. В монастыре с 1931 размещалось исправительное учреждение для несовершеннолетних.

В 1983 архитектурный ансамбль Данилова монастыря (в разрушенном состоянии) и храм Воскресения Словущего в Данилевской слободе переданы Русской Православной Церкви для устройства Духовно-административного центра. Началось восстановление монастыря. В 1988 монастырь стал центром торжеств, посвященных 1000-летию Крещения Руси.

В монастыре находилась синодальная резиденция Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

На территории монастыря — памятник святому равноапостольному князю Владимиру и каменный крест — хачкар, подаренный Католикосом всех армян Вазгеном I в 1988.

При монастыре действуют музей, воскресная школа, реставрационная и швейная мастерские, издательство, гостиничный комплекс.

Храмы.

Святых Отцов Семи Вселенских Соборов - построен во второй половине XVII на месте храма 1561, перестроен в 1729, 1752. На втором этаже — главный престол — Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, приделы святых благоверных князей страстотерпцев Бориса и Глеба и святого благоверного князя Даниила Московского, на нижнем этаже — в честь Покрова Пресвятой Богородицы и пророка Божия Даниила. В башенке над западной папертью — престол во имя преподобного Даниила Столпника. Иконостас с иконами костромского письма XVII в. В иконостасе — Владимирская икона Божией Матери (XVI века), находившаяся в монастыре до его закрытия. Иконостасы приделов и росписи стен и сводов — работы современных иконописцев. В храме — рака с частицей мощей святогго Даниила Московского (мощи пропали после закрытия монастыря).

В храме Покрова Пресвятой Богородицы — мощи новомученика, духовника Данилова монастыря, преподобного Георгия Лаврова (ск. 1932).

Троицкий собор (1833-38; архитектор О.И.Бове) с главным престолом Живоначальной Троицы и приделами — Зачатия святой праведной Анны и преподобного Алексия, человека Божия. В 1989 в подклете собора устроен придел в честь Рождества Иоанна Предтечи. В соборе — ковчег с частицами мощей благоверного князя Даниила Московского, особо чтимые иконы — Живоначальной Троицы (16 века), Божией Матери «Троеручица» (17 века) и преподобного Иоанна Кассиана Римлянина (18 века).

Храм преподобного Симеона Столпника — в колокольне (надвратный, конец XVII в., воссоздан в 1984-88).

Coopужены также новые храмы — преподобного Серафима Саровского (в подклете больничного корпуса, 1988, в нём особо чтимая икона преподобного Серафима Саровского с частицей его святых мощей, частью мантии и четками).

Всех Святых, в земле Российской просиявших (в синодальной резиденции Святейшего Патриарха, 1988).

В 1988 coopужена Надкладезная и Поминальная часовни (архитектор Ю.Г.Алонов).

Троицкий собор.
Симеона Столпника храм.
Серафима Саровского храм.
Святых Отцов Семи Вселенских Соборов храм.
Поминальная часовня.
Надкладезная часовня.
Надвратная часовня.