Храм построен в 1644—45 на месте деревянного храма (1625, по другим источникам 1618). Главный престол — сорока мучеников Севастийских. В 1699 coopужён придел святителя Николая Чудотворца. В 1812 храм ограблен наполеоновскими войсками, священник Петр Святославский (Вельяминов), пытавшийся защитить храм, замучен (погребен в Новоспасском монастыре с южной стороны Екатерининского храма). В 1831—38 построена трапезная с колокольней и приделом святых апостолов Петра и Павла. В 1878 храм перестроен. Обновлялся в 1901. С 1896 при храме — богадельня.

Закрыт в 1932. Разрушены колокольня (до второго яруса) и главка купола. В помещении храма размещались учреждения, научно-исследовательский институт, конструкторское бюро, вычислительный центр.

Возвращен РПЦ в 1993, приписан к Новоспасскому монастырю.

Святыня — икона-мощевик с мощами святых Гурия, Самона и Авива, Василия Блаженного, преподобного Сергия Радонежского, Зосимы и Савватия Соловецких, Феодосия Тотемского и Кирилла Белозерского.