Впервые церковь Бориса и Глеба упоминается в 1483 году как деревянная. В древнерусской летописи — "Софийском Временнике", где упоминается о грандиозном Пожаре 28 июля 1493 года, записано, в частности, что "...выгоре посад за Неглимною от Духа Святаго по Черторию и по Борис-Глеб на Орбате...".

В 1527 году значится в летописях уже как каменная церковь, построенная по повелению великого князя Василия Ивановича. Как полагают, в середине XVI столетия храм считался даже собором и имел особое значение, так как был местом царского моления перед началом военных походов.

Царь Иван Грозный отправлялся к этой церкви с крестным ходом и получал напутственное благословение. Вот как описывал летописец такое действо 21 мая 1562 года: "...Царь и великий князь Иван Васильевич всеа Русии шел на свое дело Литовское, а стояти ему в Можайску. А шел царь и великий князь к Борису и Глебу на Арбат пеш за образы, а с ним царь Александр Казанской и бояре и дети боярские многие, которым с ним быти на его деле, а со образы шел архиепископ Ростовский Никандр и архимандриты и игумены. И слушал царь и велики князь обедню у Бориса и Глеба на Арбате".

В том же 1562 году, 30 ноября, царь Иван Грозный, вновь решив пойти на "безбожную Литву", отправился после моления в кремлевских соборах крестным ходом к церкви св. Бориса и Глеба. Во главе хода с царем шли Московский митрополит всея Руси Макарий и Никандр, архиепископ Ростовский, в сопровождении священников "...к святым страстьтерпцем к Борису и Глебу на Орбат, и чюдотворным образом Пречистые Богородицы Милостивые еже бе тот чюдотворный образ Пречистые. С прародителем его, с великим князем Дмитреем Ивановичем был, егда князь велики Дмитрей победи безбожного Мамая на Дону".

За царем, его семьей, архиереями следовало воинство, и все они слушали обедню в храме и "молебная совершив". Летописец подробно сообщает, о чем молился царь и присутствовавшие в церкви: "...чтобы их христиан ради святых молитв Господь Бог путь его царю дал мирен и безмятежен и победу на враги его, где же бы дом Пречистые Богородицы и град Москву и вся живущая в них и все грады государства его от всякого злаго навета Бог сохранил".

Борисоглебский собор был и местом встречи царя после великих походов. Известно летописное описание встречи у Бориса и Глеба 21 марта 1563 года после взятия русскими Полоцка.

В самом конце XVII века один из именитых прихожан, Иван Алексеевич Мусин-Пушкин, занимая в Монастырском приходе место главного судьи, пристроил к Борисоглебскому храму придел Воскресения Господня. С течением лет придел стал своеобразной домовой церковью, в ней служил особый священник, и Мусины-Пушкины содержали придел, запирая его своим замком. Здесь же погребались и члены рода графов Мусиных-Пушкиных.

С 1677 года известен другой придел храма во имя иконы Казанской Божией Матери, где еще в XVII веке хоронили представителей другого знатного рода — Бестужевых.

В середине XVIII века Борисоглебский храм на Арбатской площади стал настоящей ареной столкновения представителей этих двух известных московских фамилий. Все началось с идеи коренной перестройки древней Церкви. Как известно, вторая половина XVIII века была довольно драматичным периодом в истории московской церковной старины. Чрезмерное увлечение западными архитектурными стилями и забвение национальных традиций привели к массовой сломке старомосковских храмов с их пятиглавиями, наличниками, шатровыми колокольнями. На их месте строились церкви, своими куполами, колоннами, колокольнями и декоративными украшениями напоминавшие скорее Рим, Вену и Париж, чем старую православную Русь.

Подобное случилось и на Арбатской площади. История сломки старого храма св. Бориса и Глеба и строительства на его месте нового весьма драматична. В 1871 году известный церковный историк Москвы Н.П. Розанов нашел в архиве Московской духовной консистории связку дел об этой истории и опубликовал на их основании статью. Доверимся же этому серьезному исследователю и проследим захватывающую хронику сноса старой и строительства новой церкви.

Возвращенный из ссылки вступившей на престол Екатериной II именитый прихожанин, действительный статский советник, сенатор (произведенный к тому же в генерал-фельдмаршалы), граф Алексей Петрович Бестужев-Рюмин объявил, что берется на свои деньги построить новое здание Борисоглебской церкви. Далее дело шло по традиционному пути.

В ноябре 1762 года приходской священник Иоанн Иванов подал Московскому архиепископу Тимофею прошение о постройке храма. 3 апреля 1763 года митрополит дал разрешение на сломку старого и постройку нового здания. Обычный в этих случаях ход событий был неожиданно нарушен решительным противодействием со стороны Мусиных-Пушкиных, имевших в приделе своеобразную домовую церковь.

Потомки Ивана Алексеевича Мусина-Пушкина наотрез отказались дать разрешение на сломку их церкви-придела с гробами предков. Дело встало. Мусины-Пушкины стали доказывать, что новый храм можно построить, не разрушая особо устроенный придел. Однако жертвователь на храм А.П. Бестужев-Рюмин и приглашенный им известный архитектор Карл Бланк настаивали на строительстве нового здания непременно на месте старого.

Теперь все зависело от окончательной позиции Московской духовной консистории и конторы св. Синода.

Церковные власти и архиепископ Московский, обсудив ситуацию, постановили в 1763 году сломать старый Борисоглебский храм, а Бестужеву-Рюмину при новой церкви построить придел во имя Воскресения Христова, куда и перенести гробы Мусиных-Пушкиных. Однако и это компромиссное решение, видимо, не устроило потомков древнего графского рода, не хотевших терять домовый храм и тревожить покой своих предков.

В сентябре 1763 года служитель Мусиных-Пушкиных даже не допустил пришедших из консистории в свою придельную церковь. Лишь приехавшая в октябре 1763 года из Петербурга графиня Алевтина Платоновна Мусина-Пушкина, скрипя сердце, дала разрешение на разборку семейной святыни. Таким образом, исчезло последнее препятствие, и к середине следующего 1764 года церковь св. Бориса и Глеба с приделами была разобрана. Тогда же А.П. Мусина-Пушкина перенесла гробницы своих родителей и предков в Кремлевский Чудов монастырь, где также были древние захоронения рода.

Борисоглебскую церковь строили долго — пять лет. В новом храме также устроили два придела — Казанский и Воскресенский. Последний как бы напоминал о домовом храме Мусиных-Пушкиных и перипетиях, связанных со сносом старинного памятника.

Новую, изящную, с огромным куполом церковь освятили 6 декабря 1768 года. В нее перенесли многие древние святыни старого храма, а в алтарь поместили и портрет храмоздателя графа Бестужева-Рюмина.

Опустошительный московский пожар 1812 года пощадил новый храм. Пострадавшие же от пожара церкви Филиппо-Апостольскую, Тихоновскую, Иоанно-Милостивскую, Космодамиановскую и Ризположенскую приписали к Борисоглебскому храму. Некоторые из этих церквей вскоре разобрали за ветхостью, а материал от их разборки употребили на сооружение третьего и четвертого (Ризположенского и Марии Магдалины) приделов Борисоглебского храма. Многие иконы и утварь из упраздненных церквей перенесли в храм Бориса и Глеба.

В нем хранились многие почитаемые богомольцами святыни: большая древняя икона св. Бориса и Глеба с житием (XVI век), икона св. Иоанна Милостивого (XVI век) из одноименной церкви, снесенной в 1817 году, образ св. Нила Столобенского с частью мощей и др.

Храм подновляли в XIX веке. Придельные его иконостасы были сооружены из позолоченной бронзы.

Наступивший XX век обернулся трагедией для храма, неразрывно связанного с историей Арбата. Уже первые послереволюционные годы принесли много волнений его прихожанам. Вслед за насильственным изъятием церковного серебра в конце 1923 года некое общество "Культурная смычка" возбудило ходатайство о закрытии церкви и передаче ее здания под клуб. Руководство Музейного отдела Наркомпроса немедленно обратилось в Моссовет с письмом, в котором указывалось, что Борисоглебская церковь построена знаменитым Карлом Бланком в 1764 году и является "одним из лучших образцов барокко в Москве". Внутренняя отделка, указывали специалисты, представляла собой отличный образец стиля ампир. Реставраторы настаивали на "полной неприкосновенности памятника". Власти прислушались к авторитетному мнению, и "Культурной смычке" был дан отказ.

Но уже тогда четко определилось враждебное отношение к Борисоглебскому храму. Инструктор административного Моссовета некто Фортунатов в начале 1924 года докладывал начальству, что "группа верующих храма не желательна по своему социальному составу". Сценарий был определен.

Но судьба отпустила еще пять лет жизни историческому храму Арбата. Наступил 1929 год — первый страшный год для православной Москвы, когда разом были закрыты десятки церквей. Новое законодательство в отношении государства к церкви позволяло сравнительно легко, в административном порядке закрывать и затем сносить храмы первопрестольной.

Православный Арбат с его переулками пострадал на рубеже 1920-1930-х годов особенно жестоко. Арбат и Приарбатье в целом потеряли в те страшные годы большую часть украшавших его храмов.

Городские власти сделали арбатские храмы экспериментальным полигоном сооружения безликих жилищ рабочих, вероятно, с целью "разбавить" арбатское дворянство и интеллигенцию пролетарским элементом.

Инициаторами атеистического наступления на Борисоглебский храм выступили члены Хамовнического райсовета, просившие Моссовет разрешить им снести памятник для расширения площади. Просьба была передана в административный отдел Моссовета, давшего в духе того времени заключение: "...церковь расположена как бы на островке Арбатской площади, причем со всех четырех сторон наблюдается усиленное и беспорядочное движение, грозящее жизни и безопасности проходящим гражданам". Повод для уничтожения храма был найден.

Против уничтожения арбатского памятника старины выступили музейные работники, обратившиеся в июле 1929 года с письмом протеста в Президиум Моссовета. Специалисты предлагали для улучшения движения снести двухэтажный дом перед храмом и указывали на возможность уменьшения широких тротуаров, "т.к. пешеходное движение здесь ничтожно". Но разве эти основания могли повлиять на Президиум Моссовета, состоявший из людей, безразлично или даже враждебно относившихся к старой Москве?

4 октября Президиум Мособлисполкома принимает решение о сносе Борисоглебского храма, указав в постановлении, что "...здание церкви Бориса и Глеба на Арбатской площади стесняет движение и, кроме того, по проекту новой планировки указанной площади подлежит сносу...".

В долгой летописи храма начинался самый короткий, но самый драматичный период его истории. У защитников храма-памятника — архитекторов, реставраторов, верующих прихожан — оставалось всего два месяца. Именно этот срок отводило новое законодательство общине для обжалования решения московских властей.

Если реставраторы и музейные работники почти без борьбы уступали предыдущие арбатские храмы, то октябрьские решения 1929 года были встречены в Центральных реставрационных мастерских в штыки. На заседании архитекторов и реставраторов ЦГРМ 16 октября 1929 года под председательством П.Д. Барановского было принято следующее однозначное решение-протест, которое стоит процитировать полностью: "Подтвердить, что здание церкви Бориса и Глеба, выполненное по проекту архитектора Бланка, является памятником XVIII века выдающегося историко-архитектурного значения как по своим строго выдержанным формам и наружной обработке, так и по внутреннему, отвечающему внешнему облику устройству. Отметить целесообразность в смысле разгрузки площади — сноса находящегося на таковой двухэтажного здания, не имеющего историко-художественного значения. Резюмируя все вышеуказанное, признать уничтожение ценного и хорошо сохранившегося памятника совершенно необоснованным и нецелесообразным, ввиду чего считать необходимым принять меры к его сохранению".

В тот же день, 16 октября, и приходский совет направил заявление в Президиум ВЦИК в защиту храма. Верующие писали, что церковь обслуживает большой район, она недавно отремонтирована на средства прихода. Но все было напрасно, высшая власть оказалась беспощадна и к уникальному памятнику, и к религиозным чувствам своего народа. В преддверии Рождества 20 декабря 1929 года Президиум ВЦИК постановил закрыть и снести сразу три старинных памятника — Борисоглебскую церковь на Арбатской площади, храмы Неопалимой Купины по Новоконюшенному переулку и Марии Египетской в Сретенском монастыре.

Древнейший арбатский храм, не раз отстраивавшийся после бедствий и пожаров, помнивший страшный пожар 1493 года, великого князя Василия III, крестные ходы и моления царя Ивана Грозного и митрополита Макария, поменявший свой образ и архитектуру благодаря вельможному генерал-фельдмаршалу графу А.П. Бестужеву-Рюмину, доживал последние дни. Не злые иноземцы, не пожар и молния, а атеистическая власть, не признававшая старую историю России и ее памятники, разрушала православную святыню. Жаловаться больше было некуда, и в феврале 1930 года Борисоглебский храм закрыли. Вскоре вывезли в хранилища Музейного фонда древние иконы, церковные пелены и облачения, а колокола, золоченые иконостасы, подсвечники и другую металлическую утварь передали на утилизацию.

Оставленный верующими, опустевший храм с разбитыми стеклами еще долго стоял на Арбатской площади. Лишь в ноябре 1930 года Моссовет прислал рабочих и грузовик и был начат снос церкви. Архитектор-рестовратор Б.Н. Засыпкин и студенты Московского университета успели провести обмеры разрушаемого памятника. Исчезла еще одна уникальная страница каменной летописи города…

В 1930 году храм был разобран. Сведения о церковной утвари, иконах и других предметах церковного быта, оставшихся после разборки церкви, обнаружить в полном объеме на сегодняшний день не представилось возможным.

"То место, которое выбрали для часовни, — сказал автор проекта, архитектор Юрий Семенович Вылегжанин, — очень святое, ранее там находился храм Тихона, тоже снесенная ранее церковь. И было решено, что если мы создаем одну часовню Бориса и Глеба, то, само собой разумеется, мы должны как-то запечатлеть и снесенный храм Тихона. Поэтому нами было найдено решение, один из приделов часовни будет приделом Тихона".

Каменный часовенный столб в память снесённой церкви Бориса и Глеба построен в 1997 году. На одной плите Памятной часовни написано: «Церковь святых благоверных князей Бориса и Глеба у Арбатских ворот».
На другой плите: «Сей памятный знак установлен 15 мая 1997 г. в ознаменование 925 летия перенесения мощей Святых благо верных князей Бориса и Глеба стараниями Общероссийского общественного движения «Россия Православная», ОАО «Купина», АХЦ «Арххрам» и Московской Патриархии в год 850 летия города Москва.» На стелле написано: "Церковь святых благоверных князей Бориса и Глеба" - то самое месте, где стоял подлинный храм Бориса и Глеба.