Постр. в 1762—85 в урочище «Три Горы», за Трехгорной заставой, в слободе Новое Ваганьково на месте одноименного деревянного храма (1695). Сюда в 1678 переселили царских псарей и скоморохов, первоначально находившихся в слободе Старое Ваганьково (ок. Кремля). Существует несколько версий происхождения слова «ваганьково»: от «ваганить» — потешать, шутить; «ваганец» — место сбора денежного налога; от «ваган» («важан») - жителей Вяжской обл., переселенных в Москву.

В 1860 coop, новые трапезная и колокольня. Ок. 1892 приделы свт. Николая Чудотворца и свт. Димитрия Ростовского вынесены из трапезной вперед в линию с главным престолом. В 1900—02 на средства Г.Ф. и Н.Ф.Серебряковых к старому храму был пристр. новый с главным престолом в честь иконы Божией Матери «Живо-носный Источник» (арх. Г.А.Кайзер). Расписан внутри в 1908.

В 1922 из храма власти изъяли св. 12 пудов золотых и серебряных украшений и церковной утвари. Закрыт в 1929. Сильно перестр. Разрушены главы храма и колокольня до первого яруса, в трапезной пробит второй ряд окон. До 1990 в здании размещался Дом культуры, затем оно находилось в запустении.

В 1992 возвращен РПЦ. Начались реставрационно-восстановительные работы. Богослужения возобновились в декабре 2000.

Работает церковная лавка.