Серафимовская женская община берёт своё начало с Полунинской Крестовоздвиженской женской общины, которая находилась в нынешнем Сапожковском районе Рязанской области. В 1860 году в этой пустынной и красивой местности по приглашению богатого сапожковского купца Василия Ивановича Полунина поселился боголюбивый старец Павел. Пятнадцать лет жил старец Павел здесь. В 1875 году он скончался, приняв незадолго до смерти постриг с именем Платон. Через некоторое время в келье старца поселился сам В.И.Полунин, подражая жизни Платона. Здесь он открыл женскую богадельню и построил каменную часовню. В 1886 был построен каменный храм в честь Честного Животворящего Креста. В 1890 его сыновья подали ходатайство об обращении богадельни в Полунинскую Крестовоздвиженскую женскую общину. Первой настоятельницей общины стала монахиня Палладия.

В 1906 г. по указу императора за обителью был закреплён равный 1,5 десятины (прим. 3600 кв. м) участок земли в Ново-Кунцево, подаренный крестьянами села Крылатское. На нём начали строить обитель и храм. Возглавляли строительство монахиня Серафима и рясофорная послушница Екатерина Ильева. Проект храма был подготовлен В.Ф.Жигардловичем в 1907 г. По проекту церковь состояла из основной части, которая венчалась пятью главами и отделялась от алтаря двухъярусным иконостасом столярной работы высотой 6,5 аршин (прим. 462 см). К храму примыкала трапезная с одной главой. Внутри ширина храма была равна 11,36, а длина – 19,57 метров. В высоту внутренняя часть церкви составляла от 3,5 до 5 метров. Вмещала церковь более 300 человек. В дальнейшем, правда, проект был упрощён очевидно из-за нехватки средств: вместо красивого крыльца поставили дубовый тамбур, полуциркульные окна были заменены прямоугольными, фасад храма остался неукрашенным. Храм был поставлен на кирпичном фундаменте. После завершения постройки в 1909 г он был освящён благочинным монастырей архимандритом Даниилом в честь преподобного Серафима Саровского. Настоятелем церкви стал священник Александр Владимирович Русинов. Община развивалась – на территории храма было построено пять домов для монахинь и причта, была заменена ограда, сам храм был оштукатурен снаружи и внутри, в нём появились три картины стенной живописи: изображения двух ангелов и кончины преподобного Серафима Саровского. В 1915 году от Строительного отделения Московского Губернского правления было получено разрешение на строительство часовни со звонницей, святых врат и помещений для вратниц. Но строительство было приостановлено.

Вскоре после создания обители местные крестьяне и дачники прозвали её «Кунцевским монастырём». Возле монастыря появилась Монастырская улица (в настоящее время этой улицы нет).

28-29 сентября 1917 г. Святейший Синод определил Кунцевское подворье Полунинской Крестовоздвиженской общины сделать самостоятельной общиной. Монахиня Серафима из Полунинской общины была поставлена начальницей в «Кунцевский монастырь». То было тяжёлое для православных время. Не прошло оно бесследно и для Серафимовской общины. В 1918 году у общины отобрали имущество и храм. Чтобы совершать Богослужения, надо было заключить договор с представителями местной власти и сделать описи имущества. Эти договоры между общиной и представителями власти были заключены в том же 1918 году.

В конце 1922 года общину упразднили. Остался лишь храм, который сделали приходским. Сначала он успешно переживал «своеобразие» власти, не считая того, что в 1922 году у него изъяли 44 серебряных предмета - якобы "в пользу голодающих" - и отобрали большой колокол.

Прихожане бережно относились к храму и делали мелкие ремонты. А в 1928 году был затеян капитальный ремонт, в ходе которого заменили балки и нижние венцы. Потрачено на это было две тысячи рублей. Была достроена колокольня с часовней и святыми вратами по несколько изменённому проекту 1915 года, что стоило также полторы тысячи рублей. На колокольню временно поместили колокол весом 122 пуда 12 фунтов (примерно 1957 кг). Также в первой половине двадцатых годов был построен правый предел во имя святителя Николая Чудотворца. С 1926 года приход возглавил священник Сергей Николаевич Фелицын. Вместе с ним служили диаконы Шепетилло Адам Осипович, исполнявший обязанности псаломщика, и Владимир Николаевич Соколов. Интересно отметить, что В.Н.Соколов был знаком с диаконом Максимом Дормидонтовичем Михайловым, который впоследствии стал заслуженным артистом СССР. Максим Дормидонтович не раз пел в храме Серафима Саровского. Сам же Владимир Николаевич Соколов родился в городе Клин, окончил семинарию и до 1922 года был братом милосердия. В 1927 году он скончался от чахотки и был похоронен около южной стороны храма. Его место занял Владимир Иванович Краснокутский.

В 1929 году местными властями было решено закрыть храм под предлогом использования здания детским учреждением. Однако местность с церковью признали непригодной для детского учреждения, так как она была болотистая и загороженная с юга строениями.

В Кунцеве уже давно организовывали митинги и сбор подписей о закрытии храма. Состоялось заседание пленума Кунцевского горсовета. На нем было решено прекратить деятельность прихода. Около месяца прихожане не знали об этом, пока приходской совет не решил отправить запрос в Кунцевский горсовет с просьбой подтвердить или развеять слухи об участи храма.

В том же 1929 г. состоялось заседание президиума Моссовета, на котором также было постановлено закрыть храм. Прихожане обращались с заявлением о пересмотре дела во ВЦИК, но оно не было удовлетворено. Храм был закрыт. Однако приход не распался, а присоединился к храму в честь Нерукотворного Образа Спаса на Сетуни.

Трагическая судьба постигла священнослужителей и некоторых прихожан храма преп. Серафима Саровского в Кунцеве.Первый настоятель храма – протоиерей Александр Владимирович Русинов. Родился он в 1878 г. Был настоятелем храма с 1907 по 1922 г. На его долю выпали работы по постройке храма, и тяжелые годы революционной власти. В 1938 г. он был расстрелян на Бутовском полигоне. Сейчас он прославлен в лике святых новомучеников и исповедников российских.

Второй настоятель – иерей Сергий Фелицын. Возглавил церковь преп. Серафима Саровского в 1926 году. Сергей Николаевич Фелицын родился в 1895 г. в селе Погост Троицы – Чижи Ногинского района Московской области. Отец его был священником. У Сергея Николаевича были две сестры и брат. В 1916 г. он закончил Московскую Духовную семинарию. Затем он закончил Московскую Духовную академию со степенью кандидата богословия. В то время на долю храма выпали самые тяжкие испытания за время его существования. Настоятель и прихожане боролись за сохранение церкви.

В 1937 г. он был арестован в храме Спаса Нерукотворного Образа на Сетуни и расстрелян вместе с диаконом В.И.Краснокутским и ещё одним церковнослужителем, имя которого пока не известно. С.Н.Фелицын вместе Краснокутским были прославлены, как новомученики и исповедники российские.

После закрытия храма хозяева здания часто менялись. Сначала в нем помещались различные детские учреждения, потом производственные предприятия: Механообозный завод; Завод мебельной фурнитуры; Кунцевский завод пластмассовых изделий и, наконец, Кунцевский завод автоматических ручек, который около 1970 года стал филиалом завода им. Сакко и Ванцетти. Во время Великой Отечественной войны на территории обители был полигон для аэростатов. За годы советской власти храм подвергся следующим перестройкам: были уничтожены все главы; сломана алтарная апсида, входной тамбур и два боковых крыльца; здание было разделено на два этажа; окна четверика заделаны, а с юга и севера на втором этаже пробиты новые, маленькие; для прохода на второй этаж с юга снаружи пристроена крытая деревянная лестница; с запада, севера и востока храм был полностью облеплен одно- и двухэтажными каменными пристройками. К 1993 году в храме уже никакого производства не было. Внутри - полный разгром и разорение. В ободранном доме узнать церковь было невозможно.
Рядом с храмом сохранилась кирпичная колокольня, выходящая в бывший Больничный переулок. После закрытия Серафимо-Николаевского храма в ней были устроены квартиры, а потом здесь помещалась кузница. За это время колокольня лишилась второго яруса, святые ворота были сломаны. Деревянная же колокольня и жилые дома на территории упраздненной общины давно снесены. Помимо церкви и каменной колокольни все остальные строения появились в советский период.

В 1993 году здесь была вновь образована община. В 1994 году в храм был направлен священник Алексий Буканов. Сначала служили лишь молебны у ворот, потому что на территорию храма прихожан не пускали. Но через некоторое время территория церкви была возвращена общине. У ворот был построен и освящён временный храм в честь преподобного Серафима Саровского.

В 1999 году храм посетил Святейший Патриарх Алексий II. В 2000 году 31 мая церковь стала подворьем Саввино-Старожевского монастыря. В 2006 году храму был присвоен статус Патриаршего подворья.