Построена в 1886—88 (архитектор Грудзинский) в селе Спас-Тушине (название по имени одного из владельцев в XVI в. — воеводы Тушина), у реки Сходни, на средства местных жителей и жертвователей, на месте Спасо-Преображенского монастыря (известен с XIV в., разорен и сожжён в нач. XVII в. польско-литовскими интервентами, закрыт в XVIII в.). Старый, каменный, шатровый Преображенский храм (кон. XVI в.) после закрытия монастыря стал приходским, в 1885 разобран (находился на обрыве между Москва - рекой и рекой Сходней и подмывался весенними водами). В храме 1888 главный престол — Спаса Преображения, приделы — преподобного Сергия Радонежского (правый) и святителя Николая Чудотворца (левый). Храмовая икона старого храма была перенесена в новый.

После 1917 арестованы и расстреляны настоятели храма отец Борис Соколов (в 1928) и отец Александр Буравцев (в 1934). Закрыт в 1937. Обезглавлен. В нем размещались клуб, кинозал, мастерские, склад. Срыто кладбище. В 1950-х снесена (до первого яруса) колокольня.

17.08.1990 освящен Святейшим Патриархом Алексием II (первый в Москве храм, освящен им после возведения в патриарший сан).

Реставрировался (до 1999) под руководством протоиерея Федора Соколова (погребен у алтаря в 2000). Мозаика в главном храме (художники А.Д.Корноухова, Д.М. и И.Д.Шаховские, Л.Д.Курило и Л.Д.Царева), расписана трапезная (художники В.А.Сидельников, В.И.Любарский).

Святыня — мироточивый Животворящий Крест Господень.
При храме — воскресная школа, певческие курсы для взрослых, библиотека, оказывается гуманитарная помощь находящимся в заключении.

Приписан домовый храм иконы Божией Матери «Споручница грешных» при Краснопресненской пересыльной тюрьме.