Построен в 1619—26 в дворцовом селе Рубцове (потом стало Покровским), наследной вотчине рода Романовых, по указу царя Михаила Федоровича в благодарность Божией Матери за Её заступничество, в память об отражении в праздник Покрова Пресвятой Богородицы нападения гетмана Сагайдачного в 1618 (вначале в 1618 был сооружён деревянный храм). В 1677 расширен. В 1787 над зап. частью паперти вместо звонницы пристроена колокольня. В 1822 паперть стала закрытой, нижние ярусы заложены. С 1870 по 1920 при храме находилась Московская епархиальная Владычно-Покровская община сестер милосердия.

Храм (главный престол — Покрова Пресвятой Богородицы) — двухэтажный, одностолпный, четырехугольный. Завершён крестчатым сводом без промежуточных опор. Увенчан тремя ярусами кокошников с одной шлемовидной главой на световом барабане. Находится на невысоком подклете вместе с примыкающими к нему с севера и юга двумя одноглавыми приделами (преподобного Сергия Радонежского и благоверного царевича Димитрия), завершенных кокошниками. Престол и приделы объединены с трёх сторон крытой двухъярусной арочной галереей-папертью.

В 1934 закрыт. Разрушены каменная ограда с башнями и воротами и часовня, разорено кладбище. В храме находились мастерские Метростроя, Государственная академическая хоровая капелла имени А. А. Юрлова. Реставрировался в 1960-х.

В 1992 возвращен РПЦ.

Богослужения проводятся с 1998 в освободившихся подсобных помещениях первого этажа.