Надвратная церковь Толгской иконы Божией Матери была выстроена в 1733 году при игумене Варлааме. В 1768 году церковь отошла в приход села Сабурова, т.е. была приходской, а в начале ХIХ века вновь стала монастырской. В 1785-1786 гг. храм был оштукатурен и впервые расписан. В 1869 году по благословению Высокопреосвященного Иннокентия, митрополита Московского церковь была обновлена устройством нового престола и жертвенника, позолоченного шестиярусного иконостаса, стенною живописью и поновлением икон. Под церковью находилось сначала двое ворот. Одни из них, названные «водяными» (отсюда ходили за водой на Москва-реку) и построенные в конце 17-го века, сохранились до сего времени. Другие были заложены, и таким образом получилась палатка, в которую, по свидетельству начала 19-го века, клали покойников. Запись 1806 года говорит, что Толгская церковь была выкрашена в красный цвет. Это подтверждают и свидетельства начала 20-го века.

В декабре 1870 г. по соизволению владыки Иннокентия в одной из Патриарших келлий была освящена домовая церковь во имя святого праведного Никодима. Поводом к ее устроению послужило следующее. В этом году прибыл в Москву уволенный на покой по болезни Преосвященный Никодим (Казанцев), епископ Енисейский. Он испросил себе пребывание в Перервинском монастыре; прошение было уважено, для жительства ему были отведены бывшие Патриаршие келлии, и ввиду его болезненности в одной из зал было дозволено устроить домовую церковь в честь его Ангела. Освящение Никодимовской церкви совершил сам Преосвященный Никодим 17 декабря 1870 года и часто до самой своей блаженной кончины (в г. Дмитрове, куда он отправился навестить своих родственников, в 1875 г.) по своему желанию служил простым архиерейским служением с одним только послушником. Храм был небольшим, иконостас и убранство - очень простые.