Постр. в 1674—76 в с. Манухино (Оксеново) на р. Сетунь его владельцем А.С. Матвеевым на месте старого деревянного храма. После этого село стало наз. Манухино-Спасское (Спас-Сетунь). В 1682 Матвеев был убит стрельцами на Красном Крыльце в Кремле, его вотчина причислена к дворцовому ведомству. В 1809 перестр. (трапезная, колокольня, новое пятиглавое завершение, внутреннее убранство в стиле ампир, главный иконостас), на средства помещика Г.А.Кирьянова устр. придел преп. Григория Декаполита. Ограда — 1833. В 1844—50 на средства помещицы Г.А.Добровольской в трапезной постр. новый придел свт. Николая Чудотворца. В 1905 реконструирован (арх. В.Г.Жигардлович; снесена ветхая колокольня, постр. кирпичная шатровая, приделы к трапезной).

В стиле «русское узорочье». Четырехугольный, вытянутый, завершение — три
ряда кокошников.

Ок. храма в кон. XVII в. возникло сельское кладбище, до 1920-х наз. Сетуньским, после включения его в черту Кунцево — Кунцевским. В 1941 для захоронений отведена новая часть — территория быв. дачи и парка фабриканта Редавея. Ныне — филиал Новодевичьего кладбища.

В 1937 расстрелян настоятель — священник Алексий Касимов.
Закрыт осенью 1941, обезглавлены храм и колокольня под предлогом, что могли быть ориентирами для фашистской авиации и артиллерии. Разграблен. Пропали иконы С.Ушакова и Павловца. Был занят цехом (до 1968). Находился в аварийном состоянии. В 1970—80-х реставрировался. Восстановлены пять глав храма и верх колокольни.

Богослужения возобновлены в мае 1989. Ок. алтаря находилось захоронение Сабашниковых, в т. ч. издателя — С.В. (ск. в 1909).

Святыни — частицы Креста Господня и мощей свт. Николая Чудотворца.