Постр. в 1670—74 на Кулишках (правильнее — «кулижки», расчищенные поляны в лесу) на месте одноименного храма (первое письм. упом. — 1406, предп., что первоначальный храм 1367 наз. во имя Флора и Лавра), возле царских конюшен. Впоследствии ок. него находился Хитров рынок. Был назв. по приделу Флора, а с 1699 — по главному престолу Трех Святителей (Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста).
Двухэтажный. Внизу, кроме главного престола Трех Святителей (1674), придел Флора и Лавра (1670). Вверху в 1674 осв. престол Живоначальной Троицы. Значительно перестр. в 1770-х (колокольня, сев. галерея и др.) и в XIX в. (новая трапезная).

Обновлялся в 1901.
В русско-византийском стиле. Двухэтажный, четырехугольный, с трапезной и колокольней. Нижний, зимний, храмсобширной трапезной служит подклетом для верхнего, летнего, Троицкого храма, сдвинутого на зап. так, что верхняя тройная алтарная часть оказалась над главным помещением храма, образуя ступенчатую композицию. Две алтарные части нижнего зимнего храма и его приделами значительно выдвинуты. В стенах, с юга и вост., сохранены белокаменные надгробные доски. Завершен одной кирпичной главой на глухом барабане. С сев. примыкает крытая паперть-гульбище. При реставрации воссозданы кирпичный декор (был стесан в 1770-х), сев. галерея (перестр. в 1770-х и в 1861). Заново постр. колокольня с ярусами кокошников на новом, более древнем месте, у с.-з. угла (в XIX в. замыкала галерею с зап.). От построек 1770-х сохранились притвор и нижний ярус колокольни.

Закрыт в 1927. Обезглавлен, уничтожены шатер колокольни, ограда. Использовался как жилье, склад, мастерские, клуб, помещение студии «Диафильм» и различных учреждений. В 1980-х реставрировался с воссозданием арх. форм XVII в. (арх. Окунев).

Богослужения возобновлены в сентябре 1966. При храме —детская воскресная школа, библиотека, регентские курсы, школа православной семьи, издательство.