Построена в 1696 в Троицкой черной Неглиненской слободе на берегу реки Неглинной (заключена в трубу) на земле Свято-Троице-Сергиевой Лавры (пожалована ей в 1609) около Троицкого архиерейского подворья (с 1815 — подворье московских архиереев). Его предшественники — деревянные приходские храмы (нач. и кон. XVII в.). Главный престол — Живоначальной Троицы, приделы — преподобных Сергия и Никона Радонежских. В 1851 по другую сторону трапезной устроен придел Владимирской иконы Божией Матери. Ограда — кон. XVIII в.

В стиле барокко. На четырехугольном двухэтажном здании — восьмигранник, увенчан луковичной головкой. Колокольня — верхний ярус — восьмигранный, нижний — вход в трапезную, примыкающую к основному зданию. На потолке трапезной сохранились лепные украшения в стиле барокко.

В 1917—22 на подворье жил Патриарх Тихон (в ночь на 19.V. 1922 вывезен в Донской монастырь под домашний арест). 19.V.1922 подворье захвачено обновленцами. В конце 1920-х подворье и его храмы (Троицкий и домовый Сергиевский) закрыты. В зданиях размещались учреждения. С 1979 реставрировался. В храме находился московский симфонический оркестр. В 1993 возвращен РПЦ.