Постр. в 1635—36 (арх. Антип Константинов, Бажен Огурцов,Ларион Ушаков, Трефил Шарутин) как домовый храм русских царей (первое письм. упом. о находившемся на этом месте одноименном храме - 1625).

Входит в комплекс coop. одновременно парадных царских покоев — теремов с 3, 4, 5 ярусами. Расположен над вторым этажом (Царицыной Золотой палатой) сев.-вост. части трехэтажного Теремного дворца (XVI в.). В 1670 соединен с его жилыми помещениями (с Боярской площадкой и Владимирским залом, т.н. Верхоспасской площадкой) папертью, перекрываемой на соединяющей эти площадки лестнице решеткой (1670, отсюда иногда употребляемое назв. собора — Спас за Золотой решеткой). На ней — растительный узор с изображением фантастических животных. Обновлялся во второй пол. XVII в., перестр. во второй пол. XIX в.

Сев., пониженный придел свт. Иоанна Белгородского в конце XVII в. переименован в придел Зачатия Иоанна Предтечи (по тезоименитству царя Ивана V Алексеевича). Связан с собором проемом в сев. стене и имеет общую с ним трапезную.

В 1681—82 Верхоспасский собор, находящийся над его Иоанновским приделом Воздвиженский (Распятский) храм и храм Воскресения Словущего подвели под одну кровлю и поставили над ней 11 глав на тонких барабанах, украшенных майоликой (рук. строительными работами О .Д. Старцев, рисунки для майолик и крестов резчика старца Ипполита; изразцы на шейках глав работы И. и М.Шаровых).

Пять юж. глав принадлежат Верхоспасскому собору. Теремные храмы расположены на разных уровнях и соединены между собой переходами.

Двухсветный, четырехугольный в плане, перекрыт сомкнутым сводом с распалубками. На юж. стене два окна внизу и одно вверху. Интерьеры и росписи стен — вторая пол. XVIII в. Под ними современные реставраторы частично вскрыли стенопись второй пол. XVII в. (1666-67 и 1670, С.Ф. Ушаков и др.).

Четырехъярусный иконостас — деревянный с позолоченной резьбой (барокко, сер. XVIII в.). Средняя его часть на высоте двух ярусов обрамлена серебряным чеканным окладом (1778). В местном ряду сохранились иконы кон. XVII в. (Ф.Зубов, Л.Степанов, С.Костромитин-Рожнов). В соборе находилась чудотворная Новоникитинская икона Божией Матери.

В трапезной — две круглые печи из муравленых изразцов (кон. XVIII в., реставрированы в XIX в.).

Пострадал в 1812 (во время нашествия наполеоновских войск) и в октябре 1917 (при артиллерийском обстреле Кремля был поврежден с.-в. угол собора).

В 1918 закрыт. В сер. XX в. проводились реставрационные работы.

В нач. 1990-х передан РПЦ.