В конце 1993-го — начале 1994 года совместными усилиями сестричества во имя блгв. царевича Димитрия и департамента образования Москвы был создан приют для девочек. 9 апреля по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в приюте была освящена домовая церковь во имя мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. Духовником детского дома стал прот. Аркадий Шатов.
Приют имел статус государственного, но весь персонал в нем был из воцерковленных людей, многие из которых являлись прихожанами храма св. блгв. царевича Димитрия, директором стал будущий священник Александр Доколин.


В 1998 году приют стал детским домом № 27. Поскольку он оставался государственным, возникали препятствия для создания в детдоме православной среды, воспитания детей в вере. И вот после долгих трудов и ходатайств о. Аркадия и всех сотрудников детского дома осенью 2003 года Городская дума приняла решение о закрытии 27-го и открытии Свято-Софийского православного детского дома.

Церковь первоначально устроена в 1994 году в бывшем флигеле близлежащей школы. после реконструкции этого флигеля в 2009-2011гг храм перенесен в надстроенную мансарду.